Der Innenhof des Querschiffs liegt westlich des Innenhofs von La Monteria. Er wurde im 12. Jahrhundert während der Almohadenzeit erbaut, aber später umgestaltet. Der Garten bestand aus zwei Ebenen, von denen die oberste dem heutigen Innenhof entsprach, mit zwei kreuzförmigen Hauptgalerien und vier peripheren Galerien, und einer zweiten, 4,7 m tiefer gelegenen Ebene, die von einem in vier Abschnitte unterteilten Orangenbaumgarten mit einem großen Brunnen in der Mitte und Teichen an den Enden eingenommen wurde.

Dieser untere Garten wurde nach dem Erdbeben von Lissabon zugedeckt und mit Erde aufgefüllt, um den heutigen rechteckigen Innenhof zu bilden. Die sichtbaren Überreste dieses Untergeschosses sind vom Crucero-Hof aus zu sehen, und der einzige Teil, der erhalten geblieben ist, sind die so genannten Mara-Padilla-Bäder, die vom Danza-Garten aus zugänglich sind. Dieses Untergeschoss besteht aus einem großen Schiff mit zehn Jochen, die von Kreuzrippengewölben bedeckt sind. Ein langes Tonnengewölbe schützt den Eingang vom Garten aus.

Heute ist es ein rechteckiger Hof mit einem Garten, der durch Myrtenhecken in vier Quadranten unterteilt ist, in denen Bonetabäume, Jupiterbäume, Palmen, Bougainvillaea und Jasmin wachsen.

Im 18. Jahrhundert wurden im Innenhof des Crucero und im gotischen Palast verschiedene Arbeiten durchgeführt. Die dem Crucero-Hof zugewandte Fassade des gotischen Palastes wurde vollständig im Barockstil renoviert. Auch die anderen Fassaden des Hofes wurden renoviert, und der gesamte Garten wurde eingegraben, um seinen Boden auf das Niveau der Säle anzuheben. Die Korridore des Hofes wurden abgetrennt und als unterirdische Räume belassen.