Das Projekt wurde von der Botín-Stiftung gefördert, einer privaten Stiftung, die 1964 von Marcelino Botín Sanz de Sautuola und seiner Frau María del Carmen Yllera Camino gegründet wurde.

Das Gebäude, das aus zwei unterschiedlich großen, auf Säulen ruhenden und teilweise über dem Meer schwebenden Volumen besteht, wurde von dem italienischen Architekten Renzo Piano, dem Gewinner des Pritzker-Preises 1998, entworfen und besteht aus zwei Volumen, die durch eine Struktur von Räumen und Wegen in Form eines Hauptverteilers verbunden sind. Der westliche Teil ist der Kunst gewidmet, mit einer 2.500 Quadratmeter großen Ausstellungshalle, in deren verglastem Erdgeschoss sich ein Einkaufs- und Gastronomiebereich befindet. Der kleinere östliche Teil ist für Bildungsaktivitäten vorgesehen und verfügt über eine große Terrasse mit Blick auf die Bucht von Santander und einen 950 Quadratmeter großen überdachten Platz im Erdgeschoss.

Licht und Leichtigkeit, zwei der wesentlichen Aspekte seines Konzepts, treten darin hervor. Das Licht wird in der Keramikfassade reflektiert, die aus 280.000 scheibenförmigen Teilen besteht, die sich der Geometrie des Gebäudes anpassen. Die Konstruktion wird von Pfeilern und Säulen getragen, die sich über die Bucht von Santander und die alten Hafenanlagen von Albareda und Maura erheben, wobei die Höhe der Baumkronen der Jardines de Pereda respektiert wird.

Das Projekt wirkte sich auch auf die an das Gebäude angrenzenden Pereda-Gärten aus, deren Fläche sich von zwei auf vier Hektar vergrößerte, was vor allem auf die Untertunnelung des Straßenverkehrs zurückzuführen ist.

Nach Angaben von Emilio Botín, dem ehemaligen Präsidenten der Botín-Stiftung, kostete die Anlage 77 Millionen Euro. Andere Quellen beziffern die endgültigen Kosten auf 100 Millionen Euro. 2013 hatte die Stiftung ein Jahresbudget von 12,5 Millionen Euro für die Instandhaltung und Entwicklung der Aktivitäten des Zentrums bereitgestellt.

Die Renovierung der Pereda-Gärten wurde im Sommer 2014 eingeweiht, während die Eröffnung des Zentrums mit dreijähriger Verspätung am 23. Juni 2017 stattfand.