Das königliche Kloster San Millán de Yuso befindet sich in der Stadt San Millán de la Cogolla am linken Ufer des Flusses Cárdenas im Herzen des San Millán-Tals.

Es ist Teil des monumentalen Komplexes zweier Klöster, zusammen mit dem ältesten Kloster von San Millán de Suso.

Dieses Kloster wurde 1053 von König García Sánchez III von Navarra erbaut.

Die Geschichte seiner Gründung ist mit einer Legende verbunden, die auf einem Wunder des Heiligen Millán basiert, eines jungen Hirten, der Einsiedler wird. Als Millán 574 im Alter von 101 Jahren starb, begruben ihn seine Schüler in seiner Höhle, und um sie herum wurde das erste Kloster, das von San Millán de Suso, gegründet. Der heilige Braulio, fünfzig Jahre nach dem Tod des heiligen Millán, schreibt sein Leben.

Der navarrische König García III. War San Millán sehr ergeben. Da er gerade das große Kloster Santa María la Real de Nájera in dieser Stadt, die der Hof des Königreichs war, gegründet hatte, wollte er die sterblichen Überreste des Heiligen dort mitnehmen, die im Kloster San Millán de Suso begraben waren.

Am 29. Mai 1053 legten sie die Überreste des Heiligen in einen von Ochsen gezogenen Karren und begannen so die Reise zur großen Unzufriedenheit der Mönche, die durch den Verlust ihres Schutzpatrons am Boden zerstört wurden. Als sie die Ebene in der Nähe des Flusses erreichten, hielten die Ochsen an und wollten nicht mehr gehen. Es gab keine Möglichkeit, sie zu zwingen. Der König und das gesamte Gefolge verstanden, dass dies ein Wunder war, dass San Millán seinen Willen auferlegte, nicht von dort wegzugehen und an diesen Orten wieder begraben zu werden. Zu diesem Zeitpunkt befahl der König den Bau des jüngsten Klosters, das Yuso genannt wurde, im Gegensatz zu dem über Suso.

Bis mindestens zum Jahr 1100 existierten die beiden Klöster nebeneinander, das obere Suso und das untere Yuso. Der erste bleibt der Tradition treu: die mozarabische Herrschaft und ein doppelter männlicher und weiblicher Gemeinschaftscharakter. Die zweite wurde mit der benediktinischen Herrschaft reformiert.