Es wurde 1480 vom Schatzmeister der Katholischen Könige, Hernán Núñez de Arnalte, gegründet, der seiner Frau María Dávila und Fray Tomás de Torquemada die Vollmacht erteilte, in seinem Namen ein Dominikanerkloster in Ávila zu Ehren des Heiligen Thomas von Aquin zu gründen. Sie wurde 1985 ausdrücklich zum Weltkulturerbe erklärt, und zwar als eigenständiger Teil der Altstadt von Avila und der Kirchen außerhalb der Stadtmauern.

Im Jahr 1482 begannen unter der Leitung von Martín de Solórzano die Bauarbeiten, die bis 1493 andauerten, mit Spenden von Don Hernán und anderen von den Katholischen Königen, die das neue Kloster als Sommerresidenz und für die Beisetzung des Kronprinzen Don Juan in dem Grabmal wählten, das Jahre später von Domenico Fancelli im Auftrag von Ferdinand dem Katholischen geschaffen wurde.

Es wurde als Tribunal für die Inquisition genutzt. In seinen Räumen verbrachte Bruder Tomás de Torquemada die letzten Jahre bis zu seinem Tod am 16. September 1498. Es war auch ein Studienhaus und später eine Universität. Das im Stil der Katholischen Könige erbaute Kloster Santo Tomás ist eines der Schmuckstücke von Ávila. Es ist ein großes Kloster mit bis zu drei verschiedenen Klöstern.

Die Fassade der Kirche zeichnet sich durch ihre riesige Fassade mit einem großen Segmentbogen und zwei Strebepfeilern aus. Diese bilden ein "H", den Anfangsbuchstaben von Hispanidad. Die Bälle, die entlang der Machones laufen, sind im ganzen Gebäude verteilt. Darüber hinaus sind zehn Statuen der Burgos-Kunst von Gil de Siloé und Diego de la Cruz unter Vordächern und Zinnen zu sehen. Diejenigen, die sich am nächsten an der Tür befinden, stellen die Verkündigung dar. In der Mitte der Fassade befindet sich eine große Rosette, die den Chor und die Kirche erhellt, und etwas weiter oben das von einem Adler getragene Wappen der Katholischen Könige.

Das Hauptschiff ist 53 m lang und 10,50 m breit, das Querschiff 28,80 m lang und 10,30 m breit. Es ist also ein Juwel der extravaganten Architektur. Das Querschiff, das von vier Säulen in Form von Palmzweigen begrenzt wird, bildet ein Schmuckkästchen für das Grabmal des Infanten Don Juan.

In den acht Kapellen befinden sich Skulpturen wie das Grabmal der Familie Dávila, das Grabmal des Prinzen Don Juan oder die Gruppe, die Domingo de Guzmán und Francisco de Asís darstellt, ein Werk von Luis Salvador Carmona. Bemerkenswert ist auch die Kapelle Cristo de las Angustias oder de la Agonía, in der sich der Beichtstuhl der heiligen Teresa befindet, die hier am 15. August 1561 eine Vision hatte. Nach der im Oktober 2014 von der Firma Édolo Conservación Restauración SL durchgeführten Restaurierung des Christus der Heiligen Teresa und nach einer wissenschaftlichen Untersuchung durch Virtudes Jiménez Torrubia konnte diese Schnitzerei dem Bildhauer Gil de Siloé zusammen mit seinem Polychromator Diego de la Cruz zugeschrieben werden.

Das Hauptaltarbild von Pedro Berruguete ist jedoch zusammen mit dem Grabmal des Infanten Don Juan das wichtigste Werk der Kirche. Es ist eines der Schmuckstücke von Pedro Berruguete, der auch einen Teil des Hauptaltarbildes der Kathedrale von Ávila schuf. Es wurde 1494 begonnen, ein Jahr nach dem Ende des Baus des Klosters.

Neunzehn Gemälde befinden sich in diesem prächtigen, 21 Meter hohen Werk im gotischen Stil. Das Altarbild ist in drei Teile gegliedert, die fünf große Tafeln zu verschiedenen Episoden aus dem Leben des Heiligen Thomas von Aquin enthalten.

In der Predella sehen wir von links nach rechts: den heiligen Stephanus, den heiligen Augustinus, den heiligen Johannes den Evangelisten, den heiligen Matthäus, den heiligen Hieronymus und den heiligen Sebastian.

Der Chor überrascht durch seine Größe und sein prächtiges Chorgestühl. Es besteht aus fünfundvierzig Stühlen im oberen Teil und vierunddreißig im unteren Teil. Dieses Set aus Nussbaumstühlen ist im extravaganten gotischen Stil gehalten. Die Stühle haben die Form eines "U", und die beiden Endstühle, die dem Hochaltar am nächsten sind, wurden von den Katholischen Königen Isabella I. von Kastilien und Ferdinand II. von Aragon besetzt.

Sie wurde von Martín Sánchez de Valladolid angefertigt, der auch das Chorgestühl der Cartuja de Miraflores in Burgos schuf.

Der Infant Don Juan war der einzige Sohn der Katholischen Könige, aber er starb zu früh, bevor er den Thron besteigen konnte. Seine Mutter Isabella wollte in ihrem Testament einen Marmorsarkophag für ihren Sohn hinterlassen.

Das Grabmal ist das Werk von Domenico Fancelli. Sie wurde 1511-1512 in Genua geschnitzt und anschließend in der Klosterkirche aufgestellt. Domenico Fancelli ließ sich von den Grabmälern der Katholischen Könige und der italienischen Kunst inspirieren.

Der als Krieger gekleidete Prinz ruht in einer heiteren Pose mit jugendlich-schönen Zügen. Die Falten des Mantels sind von großer Vollkommenheit. Zu seinen Füßen erinnert eine Inschrift an die Qualitäten des Prinzen und beklagt seinen frühen Tod. Das Grabmal ist mit Tugenden, Allegorien und Heiligen geschmückt. Außerdem sind an den Seiten des Säuglings Stulpen angebracht, was darauf hindeutet, dass er nicht im Kampf gestorben ist.

Mehrere der prächtigen Reliefs wurden während des Unabhängigkeitskrieges 1809 beschädigt. Das silberne Gitter, das das Grabmal umgibt, wurde von den Franzosen gestohlen, die auch die sterblichen Überreste von Prinz Johann entweihten, dessen Verbleib ein Rätsel bleibt.

Es ist der erste und älteste der drei Kreuzgänge des Klosters. Seine geringe Größe und das Fehlen von Verzierungen verleihen ihm große Nüchternheit.

Dieser Kreuzgang ist im toskanischen Stil gehalten. Sie hat zwei ungleiche Stockwerke aus Granit mit 20 Bögen und 20 Säulen ohne Sockel und mit achteckigem Querschnitt, während die Bögen im oberen Stockwerk segmentförmig sind und einen großen Umfang haben.

Der Kreuzgang ist 19,40 mal 20,90 Meter groß und hat zwei Stockwerke. Es besteht aus 18 Bögen mit zwei Zugangstüren auf der Innenseite und 38 mehrteiligen Bögen im oberen Teil.

Das auffälligste Merkmal ist das Kreuzrippengewölbe, das eindeutig im gotischen Stil gehalten ist. Die Ornamente, die das Gewölbe schmücken, stammen fast ausschließlich aus dem Jahr 1935. Die Kapitelle, die den unteren Teil des Kreuzgangs schmücken und die Pilaster tragen, sind unterschiedlich. An den Innenwänden befinden sich insgesamt sieben Türen, die zu verschiedenen Räumen führen, die alle unterschiedliche Bögen und Strukturen aufweisen. Der Kreuzgang verfügt auch über eine abgelegene Ecke, in der sich die Mönche die Hände wuschen, bevor sie ins Refektorium gingen.

Oben, an der Außenseite des Klosters, sind die Leinwände mit Pfeil und Bogen, dem Wappen der Dominikaner und der Lilienblüte verziert. Die Einfassungen der Joche und Pfeile sowie die Blumensträuße sind alle unterschiedlich. Zweige mit halb geöffneten Granatäpfeln verlaufen entlang eines Frieses.

Der Kreuzgang ist sehr groß und hell. Sie hat unten 40 und oben 56 Bögen. Im Vergleich zum Kreuzgang von El Silencio ist er fast schmucklos, mit Ausnahme der Kugeln, die die unteren Bögen umgeben, was typisch für die Monumente von Avila ist. Daher auch sein Name: Perlado abulense.

Im Südflügel dieses Klosters befinden sich die heute umgebauten Klassenzimmer der nicht mehr existierenden Universität Santo Tomás de Ávila, die hier Mitte des 16. Jahrhunderts gegründet und im 19. Jahrhundert geschlossen wurde und in der Gaspar Melchor de Jovellanos seinen Abschluss machte.

Dieses Kloster beherbergt auch zwei Museen. Zum einen das Museum für Orientalische Kunst, das 1964 eröffnet wurde und im Sommerpalast der Katholischen Könige untergebracht ist. Es ist neben dem Museum der Augustinerpatres in Valladolid eines der beiden Museen für asiatische Kunst in Spanien. Sie besteht aus Werken aus Japan, Vietnam, den Philippinen und China. Diese orientalische ethnografische Sammlung enthält Stücke, die von dominikanischen Missionaren erworben wurden, wie z. B. Chorbücher und philippinisches Elfenbein.

Andererseits das Museum für Orientalische Wissenschaften, das an das frühere, den Naturwissenschaften gewidmete Museum angegliedert ist, das Teil des naturhistorischen Kabinetts der früheren Generalstudie des Ordens war. Mit Exemplaren aus den fünf Kontinenten, Wirbeltieren und wirbellosen Tieren ist sie eine hervorragende Sammlung zoologischer Exemplare.