L'église de San Juan Bautista est une église romane située sur un côté de la Plaza Mayor. Le nom de San Juan est dû à San Juan Bautista et la Puerta Nueva était une porte lorsque la muraille voisine passait près de la place. Elle date du milieu du 12e siècle. En 1961, il a été approuvé comme monument historique. Dans l'un de ses coins, à l'extérieur, se trouve une statue moderne dédiée au Merlú, une œuvre érigée en 1996 par le sculpteur de Zamora Antonio Pedrero Yéboles.

Cette église, située sur le côté ouest de la place principale, a été construite dans la seconde moitié du XIIe siècle et une partie du siècle suivant, à côté de la Porta Nova, la porte la plus orientale de la première enceinte fortifiée, ouverte en 1171 pour relier l'enceinte primitive au faubourg. La proximité de cette porte a conduit à ce que cette église soit connue sous le nom de San Juan de Puerta Nueva. Aux XVIIe et XVIIIe siècles, la fête des Quarante Heures était célébrée pendant la saison du carnaval. Cette célébration était très populaire et durait trois jours.

Le bâtiment a subi de nombreuses réparations, transformations et pertes au fil du temps. Rodrigo Gil de Hontañón, maître d'œuvre, est chargé de la rénovation. En 1559, la tour et une grande partie des toitures s'effondrent, elles sont reconstruites en 1579 et remplacées par une charpente mudéjar, qui a été cachée par une voûte à lunette du XVIIIe siècle, tandis que tous les murs d'enceinte sont construits.

À la fin du XIXe siècle, le conseil municipal a prévu l'élargissement et l'alignement de la Plaza Mayor, ce qui incluait la démolition de l'église, mais cela n'a pas été réalisé en raison de la protestation énergique de l'évêque du diocèse. Cependant, en 1905, il a été exproprié par la force et deux ans plus tard, le cloître attaché au mur nord a été démoli. Grâce à la dernière restauration effectuée par Bellas Artes, il a été complètement exonéré, avec la démolition de toutes les constructions attenantes et autres fausses constructions qui dissimulaient presque entièrement sa volumétrie.