La nécropole du Vatican se trouve sous la Cité du Vatican, à une profondeur variant entre 5 et 12 mètres sous l'actuelle basilique Saint-Pierre. Dans les années 1940, le Saint-Siège a financé des fouilles archéologiques dans la région, qui ont révélé une nécropole datant de l'époque impériale. Ce projet a été lancé à l'initiative du pape Pie XI, qui souhaitait être enterré le plus près possible de Saint-Pierre. Parmi les découvertes, le tombeau des Julii, qui date du IIIe ou du IVe siècle. La nécropole ne doit pas être confondue avec les catacombes souterraines de Rome, car il s'agissait d'un cimetière à ciel ouvert avec des tombes et des mausolées.

Contrairement aux grottes du Vatican, qui ont été construites avec la construction de l'actuelle basilique Saint-Pierre et correspondent au niveau inférieur de l'ancienne basilique constantinienne, la nécropole était à l'origine un cimetière situé sur le versant sud de la colline du Vatican, à côté d'un cirque construit par l'empereur Caligula. Selon la loi romaine, il était interdit d'enterrer les morts à l'intérieur des murs de la ville, de sorte que les cimetières étaient situés le long des routes à l'extérieur des limites de la ville. L'accès depuis Rome se faisait par la Via Cornelia, qui longeait la colline du Vatican en direction du nord.

Caligula, lors de la construction du cirque achevé par Néron, y plaça un obélisque égyptien, qui resta à son emplacement d'origine jusqu'à ce que Domenico Fontana le déplace au centre de la place Saint-Pierre en 1586, sur ordre du pape Sixte Quint.

Selon la tradition, saint Pierre aurait été martyrisé vers 64 ou 67 dans le cirque de Néron et enterré dans la nécropole adjacente. Après l'édit de Milan, l'empereur Constantin Ier entreprit la construction de la première basilique vaticane. Bien que la nécropole soit encore utilisée, Constantin ordonne d'en creuser une partie pour niveler le sol et construire les fondations de l'église, en la remplissant de gravats. Seule la tombe de saint Pierre a été conservée.

Les premières fouilles de la nécropole ont été effectuées entre 1940 et 1949, sous le pontificat de Pie XII, dans le but de localiser le tombeau de saint Pierre. Au cours des fouilles, plusieurs mausolées ont été découverts, marqués d'abord par des lettres de l'alphabet grec, puis par des lettres latines. Parmi les mausolées découverts, certains datent des IIe et IIIe siècles et ont été construits sous le règne de différents empereurs. Ces mausolées ont été utilisés par plusieurs générations et partagés par différentes familles.

Au 21e siècle, lors de la construction d'un parking en 2003, une autre partie de la nécropole a été découverte. Ce site, aujourd'hui ouvert aux visiteurs, a fait l'objet de plusieurs restaurations, comme celle du mausolée Valerii.

La zone P, également connue sous le nom de Campus Petri, est le site de la tombe supposée de saint Pierre. Selon la tradition, Pierre aurait été enterré ici après son martyre dans le cirque de Néron. Environ 100 ans plus tard, une chapelle a été érigée sur sa tombe, à côté de ce que l'on appelle le "mur rouge". Ce site fut très tôt un lieu de vénération, connu sous le nom de "Trophée de Gaius", du nom du théologien Gaius de Rome, mentionné dans l'ouvrage d'Eusèbe de Césarée.

Les visites de la nécropole vaticane doivent être organisées auprès du Bureau des fouilles de la Fabrique de Saint-Pierre au moins six mois à l'avance. La visite, qui dure environ une heure et demie, culmine sur la tombe de saint Pierre et se termine dans la basilique. Pour des raisons de conservation, seuls de petits groupes de dix à quinze personnes à la fois sont autorisés.