Das fertige Produkt erinnert an die drei Domänen, die Philipp II. in seiner Jugend in Valladolid, Mailand und Brüssel lieben gelernt hatte: der rechteckige Grundriss mit den vier Ecktürmen, typisch für die nüchternen kastilischen Steinpaläste; die klassische italienische Architektur in der Basilika und den Portalen; und die typischen flämischen Schieferdächer, in diesem Fall aus Schiefer aus den Steinbrüchen von Bernardos (Segovia), den Philipp II. für den Bau abbauen ließ. 8 Im Jahr 1968 wurden die Dächer einer umfassenden Renovierung unterzogen, bei der Eisenbalken anstelle der Kiefernbalken aus Valsan und San Rafael verwendet wurden.

Das Kloster zeichnet sich durch die Stärke seines Erscheinungsbildes, die geschickte Anordnung seines komplizierten Funktionsprogramms, die architektonische Strenge jedes seiner Bestandteile, die Eleganz der architektonischen Artikulation zwischen den verschiedenen Bestandteilen, die akribische Perfektion seiner Proportionen und seinen Reichtum an symbolischen Bedeutungen aus. Bemerkenswert ist seine erstaunliche stilistische Kohärenz und die Tatsache, dass es in dem damals nur kurzen Zeitraum von einundzwanzig Jahren fertig gestellt wurde. Die Hauptachse des Projekts besteht aus der Hauptfassade mit der Statue des Heiligen Laurentius, der Bibliothek, den Königen von Juda, der Basilika und dem Privatpalast des Königs. Zu den Werten des Projekts gehören Ordnung, Hierarchie und die perfekte Verbindung zwischen allen Komponenten der Komposition. Das bevorstehende Aufkommen des Barocks wird durch die Theatralik des Weges durch diese riesige zentrale Achse vorweggenommen, um schließlich den Tabernakel mit der Eucharistie zu präsentieren.

Der Renaissancestil wurde verwendet, weil er äußerst geschliffen war und keine übermäßigen plateresken Ornamente aufwies. Der toskanische Stil, die einfachste Form des Klassizismus, und der dorische Stil in der Kirche sind die beiden wichtigsten architektonischen Ordnungen. Das Kloster El Escorial repräsentiert trotz seiner Strenge und äußerlichen Kälte den Übergang zwischen dem mittelalterlichen und dem modernen Spanien. Die Architektur des Klosters ist das beste Beispiel für die spanische Renaissance und ein Paradebeispiel für den sogenannten "herrschaftlichen" oder "schmucklosen" Stil. Im Einklang mit der großen humanistischen Kultur, die sich Philipp II. und seine Architekten auf ihren Reisen durch Italien, Deutschland und die Niederlande aneigneten, kontrastierten sie das Wiederaufleben des römischen Klassizismus mit dem überbordenden Plateresken der damaligen Zeit. Es ist wohl die schillerndste Seite der spanischen Architektur und eines ihrer größten Meisterwerke. Es ist wichtig, die große Sensibilität der Südfassade hervorzuheben, die ihren Nachahmungen aus dem 20. Jahrhundert in einem so schwierigen Thema wie der Verdoppelung so vieler Fenster auf einer einzigen Leinwand überlegen ist.

Le Corbusier besichtigte das Bauwerk 1928 auf Wunsch von Garca Mercadal und war von der Architektur so angetan, dass Vergleiche mit dem Vorschlag des Mundaneums von 1929 gezogen wurden. Nach der vierten Hundertjahrfeier des Klosters im Jahr 1984 wurden zahlreiche architektonische Merkmale des Bauwerks wiederentdeckt, darunter die komplizierte Geometrie der herrerianischen Türme, das bronzene Flachgewölbe, die schönen siamesischen Schornsteine und die geschickte räumliche Gestaltung der Zenitbeleuchtung der Klosterlaterne. Der atemberaubende Patio de los Evangelistas mit dem großartigen Bramantismus des zentralen Tempels, die grandiose Kuppel, die sich auf eine Trommel stützt, die kolossale Treppe des Klosters und die Beispiele des Manierismus der Basilika und der Hauptfassade sind neben anderen Beispielen großer Architektur nur einige der historisch anerkannten Schätze von El Escorial.