Philipp II. stiftete das Kloster San Lorenzo de El Escorial unter anderem zu Ehren seines Sieges in der Schlacht von San Quintin am 10. August 1557, dem Tag des Heiligen Lorenzo. Unter der Leitung von Juan Bautista de Toledo leitete dieser Kampf die Planungsphase ein, die am 23. April 1563 zur Grundsteinlegung führte. Nach seinem Tod im Jahr 1567 traten der Italiener Giovanni Battista Castello El Bergamasco und später sein Schüler Juan de Herrera seine Nachfolge an. Am 13. September 1584, einundzwanzig Jahre nach der letzten Grundsteinlegung.

Gemäß dem Testament Karls I. aus dem Jahr 1558 musste ein Kloster errichtet werden, um die Verehrung eines neu geschaffenen Familienpantheons zu sichern. Der Kaiser zog es vor, mit seiner portugiesischen Braut Isabella und seiner neuen Dynastie weit weg von den typischen Trastámara-Gräbern beigesetzt zu werden.

Das Kloster wurde "zur Verehrung und im Namen des seligen San Lorenzo zur besonderen Verehrung" des Königsheiligen und "zum Gedenken an die Barmherzigkeit und den Sieg, den wir bei San Quintin errungen haben" gegründet, wie es in der Gründungsurkunde heißt, die von Philipp II. am 22. April 1567, vier Jahre nach Baubeginn, unterzeichnet wurde. Die Auslassung der Schlacht von San Quintin ist wahrscheinlich darauf zurückzuführen, dass man vermeiden wollte, einen Krieg als Grund für die Gründung eines religiösen Gebäudes anzuführen. Zu den "Erwägungen" des Königs gehörte es, Gott für die erhaltenen Segnungen zu danken, seine Königreiche als Zentren des christlichen Glaubens in Rechtschaffenheit und Frieden zu erhalten, Gottesdienste abzuhalten und sich selbst, seine Frauen, seine Brüder, Eltern, Tanten und Nachfolger in einer "Krypta" zu bestatten, in der ständig für ihre Seelen gebetet werden sollte. Ansicht des Klosters von El Escorial, von Michel-Ange Houasse (1723).

Eine Anerkennung der "vielen und unermesslichen Segnungen", die Gott, unser Herr, für uns bereitgestellt hat, sowie "wie sehr er geholfen hat, unsere Taten und unser Geschäft zu seinem heiligen Dienst zu führen und zu leiten".
"Dafür, dass er diese unsere Königreiche in seinem heiligen Glauben und seiner Religion und in Frieden und Gerechtigkeit unterstützt und aufrechterhält."
Gott freut sich, wenn Kirchen geschaffen und errichtet werden, "in denen sein heiliger Name verherrlicht und gepriesen wird" und in denen die Gläubigen als Beispiel für ihren Glauben dienen.
Nach dem Befehl des Kaisers "hat er uns in dem Cobdecilo, das er vor kurzem gemacht hat, übertragen, was sein Begräbnis und den Ort und die Stelle betrifft, wo sein Leichnam und der der Kaiserin und Königin, meiner Herrin und Mutter, hingelegt und aufgebahrt werden soll". Dies geschah, damit "Gott, unser Herr, für uns und für die Könige, unsere Vorgänger und Vorgängerinnen, und für das Wohl unserer Seelen beten und Fürsprache einlegen möge."
Außerdem hieß es, dass "beständige Gebete, Opfer, Gedenkfeiern und Denkmäler für ihre Seelen gesprochen werden sollten".

Mit anderen Worten: Der Monarch wollte Gott einen Ort bieten, an dem er gepriesen und ihm dafür gedankt werden konnte, dass er seiner Familie in San Quintin geholfen hatte, indem er für sie betete. Philipp II. wollte Gott einen Ort geben, an dem er leben und seine Großfamilie begraben konnte, und nicht eine Kirche für die Gläubigen. Die Feier des ersten Triumphs Philipps II. als König, die Beleidigung Frankreichs durch die Erwähnung der Schlacht von Saint-Quentin, die nur 150 Kilometer von Paris entfernt stattfand, die Verehrung des spanischen Märtyrers Sankt Laurentius zu einer Zeit, als die Reformation den Heiligen- und Reliquienkult angriff, oder die Notwendigkeit, einen vereinheitlichenden Mittelpunkt für den neuen Glauben zu schaffen, der aus dem Konzil von Trient hervorging, sind ebenfalls nicht zu übersehen.

Juan Bautista de Toledo wurde im Juli 1559 von Philipp II. nach Spanien eingeladen, um für die spanische Aristokratie eine Reihe von monumentalen Aufgaben zu erfüllen. Es sollte ein neues Bauwerk errichtet werden, das als Repräsentation für ein Königtum dienen sollte, das in Zukunft ein anderes Verständnis vom modernen Staat haben würde. Das Kloster El Escorial wurde zunächst von Juan Bautista entworfen, der als Begründer der herrschaftlichen Sprache gilt.

Nach Angaben von Pater Sigüenza aus dem Jahr 1605 hat der Grundriss eine Größe von 735 mal 580 kastilischen Fuß, also 205 mal 162 Meter. Der höchste Punkt des Kreuzes erhebt sich, gemessen am Boden der Kirche, 95 Meter über dem Boden.