Ein Portal an der Südwand der Antisakristei ermöglicht den Zugang zum oberen Kreuzgang. Die "claustra nueva" (neuer Kreuzgang) dieser Kathedrale hatte von Anfang an einen doppelten Grundriss, um das starke Gefälle zwischen dem Boden der Kirche und der Calle de la Paloma auszugleichen. Sein Bau geht auf das Ende des 13. Jahrhunderts zurück und weist einen unregelmäßigen rechteckigen Grundriss mit sechs Bögen an der Ost- und Westseite und sieben Bögen an der Nord- und Südseite auf. Der Kreuzgang der Kathedrale von Pamplona, auch Oberer Kreuzgang oder Hoher Kreuzgang genannt, wurde von dem Meister Enrique entworfen und wird von Vicente Lampérez als "herausragendes Beispiel der gotischen Kunst" bezeichnet. Die Galerien des Kreuzgangs sind mit vierteiligen, einfachen Kreuzrippengewölben überdacht, und die großen Fenster der Kathedrale weisen Spitzbögen, dreifache Sprossenfenster und ein Maßwerk aus drei vierteiligen Oculi auf.

Das äußere Erscheinungsbild des Kreuzgangs.
In den Blendbögen der nördlichen Galerie sind Statuen zu sehen, die Figuren oder Szenen aus dem Alten Testament darstellen, wie z. B. die Opferung Isaaks; die pflanzlichen Verzierungen der Arkaden, der Kapitelle und der Archivolten der Wände sind kostbar; und vor allem die historische Dekoration der vier Eckpfeiler weist Skulpturengruppen auf, die die Verkündigung, die Epiphanie und Figurengruppen im Zusammenhang mit dem Bau der Kathedrale darstellen. Unter den blinden Spitzbögen der Seitenwände der anderen drei Galerien, die aus dem 12. bis 16. Jahrhundert stammen, sind zahlreiche Domherren begraben. Jh. stammen. Das romanische Grabmal von Doa Godo, der Mutter des Verwalters von Alfons VIII., die 1105 starb; das gotische Grabmal von Bischof Mateo Rynal, der 1259 starb; die Renaissance-Gräber der Kanoniker Juan López del Hospital und Diego de Santander, beide aus dem 16. Jh. und geschnitzt von Diego de Siloé; und das Renaissance-Grabmal des Kanonikers Gaspar de Illescas aus dem 17. Das Grabmal selbst mit einer liegenden Statue auf dem Deckel und Wappen auf der Vorderseite, die mit Grotesken und Fleuronen verziert sind, befindet sich im unteren Teil, während im oberen Teil zwei Medaillons mit den Bildnissen der Heiligen Petrus und Paulus, ein Relief mit der Szene der Geburt Christi und vier Nischen mit Statuen der Kirchenväter des Abendlandes zu sehen sind.

Die gotische Kapelle San Jerónimo oder Mena mit quadratischem Grundriss und sternförmigem Rippengewölbe wurde 1545 von Juan de Vallejo auf Wunsch des 1553 verstorbenen Kanonikers Francisco de Mena errichtet, dessen Renaissance-Grabmal mit einer liegenden Statue und einem schönen polychromen Relief, das die Ankunft des Heiligen Geistes darstellt, an der nordwestlichen Ecke der Galerien angebracht ist.

Kreuzgang, Unterer
Der untere Kreuzgang, der jahrhundertelang als Friedhof diente, wurde etwa zehn Jahre vor dem oberen Kreuzgang errichtet und ist deutlich weniger schlank, obwohl seine Böden abgesenkt wurden; Er wurde zwischen 1899 und 1911 von Vicente Lampérez restauriert, der nach den "puristischen" Kriterien von Viollet-le-Duc die Fußböden absenkte und das Maßwerk in den Arkaden ersetzte, mit Ausnahme derjenigen der südlichen Galerie, die diese Galerien und die Kapellenkrypta von San Pedro, die vermutlich zur romanischen Kathedrale gehörte und von der nördlichen Galerie aus zugänglich ist, beherbergt, beherbergen heute ein Informationszentrum über den Bau der Kathedrale und beherbergen neben Modellen der romanischen Kathedrale und Informationstafeln über ihre Geschichte auch archäologische und bildhauerische Überreste, die vermutlich zur romanischen Kathedrale gehörten oder bei den aufeinanderfolgenden Restaurierungen der gotischen Kathedrale weggeworfen wurden.