Er wird auch als "Palast der Habsburger" bezeichnet und besteht aus zwei Stockwerken, die den Patio de Mascarones und das Presbyterium der Basilika umgeben und die gesamte Fassade von El Escorial (Hof der Masken) einnehmen. Er ist in demselben architektonischen Stil gehalten wie der Palast von Karl I. im Kloster Yuste. Zurzeit können nur der Schlachtensaal und die königlichen Gemächer besichtigt werden. In den Privaträumen der Könige sind bedeutende Gemälde der spanischen Schule vom Anfang des 17. Jahrhunderts, der italienischen und venezianischen Schule des 16. und 17. Jahrhunderts sowie der flämischen Schule zu sehen, darunter der Heilige Christophorus an der Furt von Joachim Patinir.

Der Botschaftersaal, einer der Räume, die man vor dem Eintritt in die königlichen Gemächer durchquert, beherbergt eine Reihe interessanter Artefakte, darunter Mörser aus dem 17. Jahrhundert, einen Tisch mit Elfenbeineinlage, zwei am Boden montierte Sonnenuhren, zwei chinesische Klappstühle aus der Ming-Dynastie (um 1570) und Porträts aller Monarchen des Hauses Österreich. Besondere Beachtung verdienen die prächtigen Intarsientüren, ein Geschenk von Kaiser Maximilian II. Zu sehen ist auch die Sesselbank, auf der Philipp II. seine letzte Reise in die Abtei unternommen haben soll, als er an Gicht litt.

Die nüchtern geschmückten Gemächer des "Königshauses" sind zu sehen, da Philipp II. dort lebte. Das Fenster des königlichen Schlafzimmers, das sich direkt neben dem Hauptaltar der Basilika befindet, ermöglichte es dem König, vom Bett aus der Messe beizuwohnen, wenn er wegen seiner Gicht daran gehindert wurde. Der Hauptraum, der Schreibtisch, das Schlafzimmer und das großzügige Oratorium sind die vier Räume, aus denen sich dieses Haus zusammensetzt.