Die Kirche San Juan Bautista ist der Sitz der Pfarrei San Juan y San Pedro und eine der ältesten in Jaén.

In diesem Tempel befindet sich der kanonische Sitz der Real e Insigne Congregación del Santo Sepulcro y de Siervos de la Orden Tercera de Nuestra Señora de los Dolores, die am Karfreitag der Karwoche von Jaén ihre Bußstation abhält, und der Primitiva, Muy Ilustre y Real Cofradía de Nuestra Señora del Carmen, sowie der Pfarrgruppen der Santísima Trinidad und der Obra Pía de Nuestra Señora del Tránsito.

Der Tempel wurde in der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts über einer alten Moschee errichtet, wovon die Überreste eines muslimischen Minaretts in der Straße Martínez Molina hinter dem Tempel zeugen.

Ende des 18. Jahrhunderts wurden in seiner Krypta die Überreste eines römischen Friedhofs gefunden, was bedeutet, dass sich dort eines der Tore der römischen Stadtmauer befand, denn diese Befestigungsanlagen hatten vier Tore und einen Friedhof am Rande jedes Tors. Die beiden anderen Fundorte befinden sich in der Nähe der Puerta del Sol und der Puerta de Martos.

Nach der Volkszählung von 1595 gehörten 606 Häuser mit insgesamt 2908 Gemeindemitgliedern zu ihr. Gegenwärtig erstreckt sich ihr pastoraler Zuständigkeitsbereich auf eine Bevölkerung von etwa 4000 Personen.

Im Inneren wurde der Hauptaltar von einem Altaraufsatz beherrscht, der den von den Architekten Manuel Martín Rodríguez und Gregorio Manuel López für die Kapellen der Kathedrale entworfenen Altaraufsätzen sehr ähnlich war. Er zeigte die Bilder von Johannes dem Täufer und Johannes dem Evangelisten und wurde von einem Abendmahlsbild gekrönt. Die Wände des Presbyteriums waren mit elf Gemälden zu verschiedenen Themen geschmückt. Die Schirmherrschaft über diese Kapelle hatte die Familie Coello de Portugal inne.

Links vom Hauptaltar befand sich eine große Kapelle, die 1695 abgetreten und 1726 von Juan Manuel de Bonilla y Olivares wieder aufgebaut wurde und in der die Verehrung der Gläubigen der Kongregation des Heiligen Grabes dargebracht wurde, wobei die Kapelle von der Jungfrau der Schmerzen bewohnt wurde. Auf der anderen Seite befand sich ein vergoldeter Altaraufsatz mit einem Bildnis von San Jacinto, gekrönt mit einem silbernen Diadem, flankiert von zwei Bildern des Jesuskindes und der Unbefleckten Empfängnis.

Im Hauptteil der Kirche befanden sich mehrere Altäre von großer Verehrung, wie die von San Antón, San Félix de Valois, San Juan de Mata, Nuestra Señora de la Encarnación oder San Sebastián, sowie eine Leinwand von Ánimas. Der Chor verfügte über eine große Orgel mit waagerechter Trompete, in der Sakristei gab es schöne Nussbaumkommoden, in denen sich ein Heiliger Christus mit einem Baldachin und einige Gemälde befanden, darunter eines mit der Verklärung, dem Heiligen Jakobus und dem Heiligen Johannes dem Täufer. An die Kirche angegliedert war ein Raum, der für Sitzungen und Versammlungen der ehrwürdigen Universität der Prioren genutzt wurde, einer korporativen Einrichtung, deren Statuten im Februar 1400 genehmigt und 1705 erneuert wurden.

Der Raum war mit einem Tisch und sieben Stühlen aus Nussbaumholz ausgestattet und wurde von einem Gemälde des gekreuzigten Christus beherrscht, an dessen beiden Seiten zwei weitere Bilder des Heiligen Nikolaus und der Heiligen hingen. Außerdem gab es eine Truhe aus Nussbaumholz zur Aufbewahrung der Schätze und einen Schrank aus Kiefernholz, in dem das sehr umfangreiche Archiv der Universität, das heute Teil des Historischen Archivs der Diözese ist, aufbewahrt wurde.

Bei der im Juni 1843 vorgenommenen Neueinteilung der Pfarreien, die der Hauptstadt nur noch fünf Pfarreien bescherte, wurde die Pfarrei San Juan aufgelöst, so dass der Tempel als Hilfskirche der Pfarrei San Pedro verbleibt und der Gottesdienst von einem ihrer Kuraten geleitet wird.

Die Hauptfassade, die recht unregelmäßig ist, ist nicht die ursprüngliche, die bei einem Brand im 18. Jahrhundert zerstört wurde und von der nur ein großer Spitzbogen und ein Glockenturm im linken Winkel mit Resten elisabethanischer gotischer Gesimse erhalten sind.

Aufgrund seiner prekären Konstruktion, des steilen Abhangs, auf dem er steht, und der Aufgabe durch die Stadt wurde das Gebäude in den Jahren 1940-1950 als Ruine zurückgelassen, was dazu führte, das Innere des Tempels drastisch abzureißen und nur die Außenmauern stehen zu lassen und einen neuen architektonischen Raum zu gestalten, in dem die Antike des Äußeren mit der funktionalen Modernität des Inneren kontrastiert.

Man geht davon aus, dass sowohl diese Kirche als auch der Platz von San Juan und die angrenzenden Straßen steil abfallende offene Felder und Obstgärten waren, die außerhalb der Grenzen der alten iberoromanischen Stadt lagen, und dass die Gebäude, die Ende des 11.

Das Innere ist sehr zweckmäßig und weist keine Überreste der alten Konstruktion auf. Besonders hervorzuheben sind die Bilder der Skulpturengruppe des Kalvarienbergs, die sich im Presbyterium hinter dem Hauptaltar befindet. Jahrhundert, von unschätzbarem künstlerischem Wert, Sebastián de Solís zugeschrieben, bestehend aus dem toten Christus am Kreuz, auf beiden Seiten der gute Dieb, San Dimas, und der böse Dieb Gestas, und zu seinen Füßen der Apostel San Juan, die im Presbyterium des Tempels zusammen mit María Santísima del Silencio ausgestellt sind, José de Medina zugeschrieben, aus der Mitte des 18. Auf dem Hauptaltar befinden sich einige polychrome Tafeln, die zu dem fehlenden Taufbecken aus dem 17. oder 18.

Hier befindet sich auch das Bildnis der Nuestra Señora de los Dolores, ebenfalls von Sebastián de Solís aus dem Jahr 1579, das im Volksmund als eines der schönsten Schmerzensbilder der Karwoche in Jaén gilt; Eine Skulptur der Virgen del Carmen aus dem Jahr 1949, da das ursprüngliche Bildnis 1936 infolge des Spanischen Bürgerkriegs auf grausame Weise zerstört wurde, und ihr Autor José Navas-Parejo, dessen Hauptfest am 16. Juli mit dem Auflegen der Skapuliere und einer Prozession gefeiert wird, sowie ein Bild der Entschlafung der Jungfrau.