Die vatikanische Nekropole liegt unter der Vatikanstadt, in einer Tiefe zwischen 5 und 12 Metern unter dem heutigen Petersdom. In den 1940er Jahren förderte der Heilige Stuhl archäologische Ausgrabungen in diesem Gebiet, bei denen eine Nekropole aus der Kaiserzeit entdeckt wurde. Dieses Projekt wurde von Papst Pius XI. angeregt, der so nahe wie möglich am Petersdom begraben werden wollte. Zu den Entdeckungen gehörte das Grab der Julii, das aus dem 3. oder 4. Die Nekropole ist nicht mit den unterirdischen Katakomben von Rom zu verwechseln, denn es handelte sich um einen Friedhof unter freiem Himmel mit Gräbern und Mausoleen.

Im Gegensatz zu den vatikanischen Grotten, die mit dem Bau des heutigen Petersdoms entstanden sind und der unteren Ebene der alten konstantinischen Basilika entsprechen, war die Nekropole ursprünglich ein Friedhof am Südhang des Vatikanhügels, neben einem von Kaiser Caligula errichteten Zirkus. Da es nach römischem Recht verboten war, die Toten innerhalb der Stadtmauern zu bestatten, wurden die Friedhöfe an Straßen außerhalb der Stadtgrenzen angelegt. Der Zugang von Rom aus erfolgte über die Via Cornelia, die in nördlicher Richtung entlang des Vatikanischen Hügels verlief.

Caligula stellte beim Bau des Zirkus, der später von Nero vollendet wurde, einen ägyptischen Obelisken auf, der an seinem ursprünglichen Standort blieb, bis Domenico Fontana ihn 1586 auf Anordnung von Papst Sixtus V. in die Mitte des Petersplatzes versetzte.

Der Überlieferung zufolge wurde Petrus um 64 oder 67 im Circus Nero zum Märtyrer und in der angrenzenden Nekropole beigesetzt. Nach dem Edikt von Mailand begann Kaiser Konstantin I. mit dem Bau der ersten Vatikanbasilika. Obwohl die Nekropole noch in Gebrauch war, ließ Konstantin einen Teil davon ausheben, um den Boden zu ebnen und die Fundamente der Kirche zu errichten, und füllte sie mit Schutt. Nur das Grab des Heiligen Petrus blieb erhalten.

Die ersten Ausgrabungen der Nekropole wurden zwischen 1940 und 1949 unter dem Pontifikat von Pius XII. durchgeführt, um das Grab des Heiligen Petrus zu finden. Bei den Ausgrabungen wurden mehrere Mausoleen entdeckt, die zunächst mit Buchstaben des griechischen Alphabets und später mit lateinischen Buchstaben gekennzeichnet waren. Einige der entdeckten Mausoleen stammen aus dem 2. und 3. Jahrhundert und wurden unter der Herrschaft verschiedener Kaiser errichtet. Diese Mausoleen wurden von mehreren Generationen benutzt und von verschiedenen Familien gemeinsam genutzt.

Im 21. Jahrhundert, beim Bau eines Parkplatzes im Jahr 2003, wurde ein weiterer Teil der Nekropole entdeckt. Diese Stätte, die heute für Besucher zugänglich ist, wurde mehrfach restauriert, wie z. B. das Valerii-Mausoleum.

Zone P, auch Campus Petri genannt, ist der Ort, an dem sich das angebliche Grab des Heiligen Petrus befindet. Der Überlieferung nach wurde Petrus nach seinem Märtyrertod im Zirkus des Nero hier begraben. Etwa 100 Jahre später wurde über seinem Grab eine Kapelle errichtet, die an die so genannte "rote Mauer" angrenzt. Dieser Ort war schon früh ein Ort der Verehrung, bekannt als "Trophäe des Gaius", nach dem Theologen Gaius von Rom, der im Werk von Eusebius von Caesarea erwähnt wird.

Besuche in der vatikanischen Nekropole müssen mindestens sechs Monate im Voraus mit dem Ausgrabungsbüro des Petersdoms vereinbart werden. Der Besuch, der etwa eineinhalb Stunden dauert, endet am Grab des Heiligen Petrus und in der Basilika. Aus konservatorischen Gründen sind nur kleine Gruppen von jeweils zehn bis fünfzehn Personen zugelassen.