Le château de Javier est situé sur une colline dans la ville de Javier, en Navarre. Elle date du 10e siècle.

Saint François Xavier, fils des seigneurs de Javier, est né et a vécu dans ce château, d'où il a tiré son nom de famille.

Le château et la ville de Javier ont été gagnés par Sancho VII de Navarre vers 1223. Un noble aragonais les avait donnés en garantie d'un prêt de 9 000 sueldos que lui avait accordé le monarque navarrais, mais lorsque le délai a expiré et qu'il n'a pu honorer le paiement, ils sont passés en possession de Sancho.

Ce n'était pas la première fois, et ce ne serait pas la dernière, car Sanche VII était l'un des grands prêteurs de la Couronne d'Aragon, et grâce aux prêts non remboursés, il prit possession d'une série de villas et de châteaux donnés en garantie qui l'aidèrent à renforcer ses frontières avec l'Aragon : Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, etc.

En 1236, le château a été donné par le roi Teobaldo I à Adán de Sada. Après la conquête de la Navarre, le château et la ville en tant que fief appartiennent à María de Azpilcueta, originaire de la vallée de Baztán, mariée à Juan de Jaso, dont la famille défend l'indépendance du royaume. Pour cette raison, le cardinal Cisneros a ordonné la démolition complète du château en 1516, bien que seule la partie forte du château ait été démantelée.

À la fin du XIXe siècle, le château était pratiquement en ruines. À l'initiative de ses propriétaires, María del Carmen de Aragón-Azlor, duchesse de Villahermosa, et de son mari José Manuel de Goyeneche, comte de Guaqui, les travaux de restauration ont commencé.

Au début du XXe siècle, la duchesse de Villahermosa a fait don du château et de la basilique à la Compagnie de Jésus, à condition qu'ils soient conservés tels qu'ils lui ont été donnés.