Un portail sur le mur sud de l'anti-sacristie permet d'accéder au cloître supérieur. Dès le début, la "claustra nueva" (nouveau cloître) de cette cathédrale a eu un plan à double étage pour tenir compte de la forte pente entre le sol de l'église et la Calle de la Paloma. Sa construction remonte à la fin du XIIIe siècle et présente un plan rectangulaire irrégulier avec six arcs sur les côtés est et ouest et sept arcs sur les côtés nord et sud. Le cloître de la cathédrale de Pampelune, également connu sous le nom de cloître supérieur, a été conçu par le maître Enrique et est considéré comme "un exemple remarquable de l'art gothique" par Vicente Lampérez. Les galeries du cloître sont couvertes de voûtes quadripartites à nervures simples, et les grandes fenêtres de la cathédrale présentent des arcs brisés, des fenêtres à triple meneau et des tracés à trois oculi quadrilobés.

L'aspect extérieur du cloître.
Les arcs aveugles de la galerie nord sont ornés de statues représentant des personnages ou des scènes de l'Ancien Testament, comme le sacrifice d'Isaac ; l'ornementation végétale de ses arcades, de ses chapiteaux et des archivoltes de ses murs est précieuse ; et surtout, la décoration historique de ses quatre piliers d'angle présente des groupes sculptés représentant l'Annonciation, l'Épiphanie et des groupes de personnages liés à la construction de la cathédrale. De nombreux chanoines de la cathédrale sont enterrés sous les arcs brisés aveugles des murs latéraux des trois autres galeries, qui datent du XIIe au XVIe siècle. Tombe romane de Doa Godo, mère de l'intendant d'Alphonse VIII, morte en 1105 ; tombeau gothique de l'évêque Mateo Rynal, mort en 1259 ; tombes Renaissance des chanoines Juan López del Hospital et Diego de Santander, tous deux du XVIe siècle et sculptés par Diego de Siloé ; et tombeau Renaissance du chanoine Gaspar de Illescas, du XVIIe siècle. Le tombeau lui-même, avec une statue couchée sur le couvercle et des armoiries sur la façade, décorées de grotesques et de fleurons, se trouve dans la partie inférieure, tandis que la partie supérieure présente deux médaillons à l'effigie de saint Pierre et saint Paul, un relief avec la scène de la naissance du Christ et quatre niches avec des statues des Pères de l'Église d'Occident.

La chapelle gothique de San Jerónimo, ou de Mena, de plan carré et couverte d'une voûte d'arêtes étoilée, a été construite par Juan de Vallejo en 1545 à la demande du chanoine Francisco de Mena, mort en 1553, dont le tombeau Renaissance, avec un gisant et un beau relief polychrome représentant la Venue du Saint-Esprit, est attaché à l'angle nord-ouest des galeries.

Cloître inférieur
Bien que ses sols aient été abaissés, le cloître inférieur, qui a servi de cimetière pendant des siècles, a été construit une dizaine d'années avant le cloître supérieur et est sensiblement moins élancé ; Il a été restauré, presque réinventé selon certains, par Vicente Lampérez, entre 1899 et 1911, qui, suivant les critères "puristes" de Viollet-le-Duc, a abaissé les planchers, remplacé les tracés de ses arcades, à l'exception de ceux de la galerie sud qui ont été remplacés. Ces galeries et la chapelle-crypte de San Pedro, qui aurait appartenu à la cathédrale romane et à laquelle on peut accéder depuis la galerie nord, abritent aujourd'hui un centre d'interprétation sur la cathédrale, abritent aujourd'hui un centre d'interprétation de la construction de la cathédrale et, outre des maquettes de la cathédrale romane et des panneaux d'information sur son histoire, des vestiges archéologiques et sculpturaux supposés avoir appartenu à la cathédrale romane ou avoir été éliminés lors des restaurations successives de la cathédrale gothique.