Le minaret, construit par Abderramán III au Xe siècle, a progressivement disparu après avoir été partiellement démoli et encastré dans le clocher Renaissance visible aujourd'hui, conçu par Hernán Ruiz III et construit entre 1593 et 1617. L'aspect original du minaret a toutefois été reconstitué par Félix Hernández Giménez, à l'aide de preuves archéologiques, de textes historiques et de représentations telles que celle située dans la porte de Santa Catalina, où la structure apparaît avant sa reconstruction.

Le minaret d'origine mesurait 47 mètres et avait une base quadrangulaire de 8,5 mètres de côté. Comme d'autres minarets andalous et nord-africains ultérieurs, il se composait d'un corps principal et d'une seconde tour ou "lanterne", également de plan carré, qui le couronnait. Ce second corps était surmonté d'un dôme et d'un yamur qui abritait deux sphères métalliques en or et une en argent (souvent appelées "pommes"), dont la taille diminuait jusqu'au sommet. Le corps principal abritait deux escaliers, construits pour monter et descendre par des entrées différentes. À mi-chemin, l'escalier était éclairé par trois fenêtres en arc de cercle en fer à cheval, décorées de voussoirs de couleurs alternées et entourées d'un alfiz rectangulaire, semblable à celui des portes extérieures de la mosquée. Ce triplet de fenêtres était répété au niveau supérieur, et au-dessus, au dernier étage du premier corps, il y avait une rangée de neuf petites fenêtres de la même forme et de la même décoration. Le rebord du premier corps était couronné d'une balustrade de créneaux en forme de scie, semblables à ceux que l'on trouve couramment au Maroc. La lanterne était décorée d'un arc en fer à cheval de chaque côté, alternant à nouveau les couleurs des voussoirs encadrés par un alfiz.

La construction du nouveau clocher de la cathédrale qui habille le minaret a commencé en 1593 et, après quelques retards, a été achevée en 1617. Le projet a été conçu par l'architecte Hernán Ruiz III, qui a construit la structure jusqu'au niveau des cloches, mais est mort avant son achèvement.5469 Le projet a été poursuivi et achevé par Juan Sequero de Matilla, atteignant une hauteur de 54 mètres, la structure la plus haute de la ville. Le clocher abrite une solide structure quadrangulaire jusqu'au niveau des cloches, où des serlianas s'ouvrent sur chacune de ses faces. Au-dessus de cette structure se trouve une lanterne, qui est à son tour couronnée par une coupole et au sommet de laquelle se trouve une sculpture de l'archange Raphaël, réalisée par Pedro de la Paz et Bernabé Gómez del Río, et installée par Gaspar de la Peña en 1664, qui fut engagé pour résoudre les problèmes structurels. La base de la tour abrite la porte Perdón, l'une des deux portes nord du bâtiment.