À l'intérieur de la mosquée, on trouve des sépultures de membres de la couronne castillane et d'autres personnes célèbres.

Membres de la Couronne de Castille

Au fil des siècles, plusieurs membres de la royauté ont été enterrés dans différentes parties du temple :

Ferdinand IV de Castille (1285-1312). En 1736, ses restes mortels ont été transférés dans l'église de San Hipólito à Cordoue104, où ils se trouvent encore aujourd'hui.

Alphonse XI de Castille (1311-1350). Fils du précédent roi et de la reine Constanza du Portugal. En 1736, ses restes ont été transférés avec ceux de son père dans l'église de San Hipólito à Cordoue, où ils reposent aujourd'hui.

Jean de Castille (mort en 1245). Fils du roi Ferdinand III de Castille et de la reine Jeanne de Ponthieu. Il est mort à la naissance.

Henri de Castille (m. 1378-1404). Fils illégitime du roi Henri II de Castille et de Jeanne de Sousa. Il était comte de Cabra et duc de Medina Sidonia108, et sa mère est également enterrée dans la même église.

Juan Ponce de Cabrera (m. 1328). Il était l'arrière-petit-fils du roi Alphonse IX de León, et était seigneur de Cabra, de la moitié du château de Garcíez et de la tour de Pajares. Il fut exécuté publiquement à Cordoue sur ordre d'Alfonso XI en 1328110 et fut enterré avec sa femme, Inés Enríquez, et sa fille, Sancha Ponce de Cabrera, dans la chapelle aujourd'hui disparue de la cathédrale de Santiago de la Mezquita, où se trouve aujourd'hui la chapelle du Sagrario.

Léopold d'Autriche (m. 1557). Évêque de Cordoue et recteur de l'université de Salamanque, il était le fils illégitime de Maximilien Ier de Habsbourg, empereur du Saint-Empire.

Autres sépultures célèbres

Inca Garcilaso de la Vega (1539-1616). Écrivain et historien d'origine péruvienne enterré dans la chapelle de Las Ánimas.

Pablo de Céspedes (1548-1608). Ecclésiastique, peintre et écrivain humaniste, bien que l'emplacement de ses restes soit inconnu.

Luis de Góngora (1561-1627). Poète du Siècle d'Or qui fut enterré dans une urne dans la chapelle de San Bartolomé après avoir été nommé chanoine.

Cardinal Salazar (1630-1706). Évêque de Cordoue et cardinal qui a construit la chapelle de Santa Teresa où il est enterré.

Pedro Duque Cornejo (1678-1757). Artiste chargé du chœur de la Mezquita-Cathédrale, décédé deux semaines avant son inauguration et enterré sur place.

Pedro de Cevallos (1715-1778). Premier vice-roi du Río de la Plata, enterré à côté de la chapelle de Villaviciosa.