La chapelle principale, le chœur et la tribune du chœur constituent le noyau de la mosquée-cathédrale. En quittant le chœur, on aperçoit les chapelles qui entourent la nef ; en se tournant vers la droite, la première est la pierre tombale des Cinq Évêques, exécutée en 1554 et réalisée en marbre selon les souhaits de l'évêque Léopold d'Autriche. Elle est suivie par la chapelle du Dulce Nombre de Jesús, séparée du reste de l'église par une magnifique grille. Elle est suivie de la chapelle de San Pelagio, de la chapelle de Santo Tomás et de la chapelle de Jesús, María et José, connue sous le nom de "chapelle de l'enfant perdu". Passé le transept, on accède au transept, couvert de tracés gothiques décorés à gauche de bustes de prophètes, et à droite de figures féminines, représentant peut-être les vertus.

La partie arrière comporte cinq arcs, dont quatre sont des chapelles, le cinquième étant la porte d'entrée de la sacristie. Au-dessus des arcs, on trouve une corniche avec des grotesques et des tondos avec des bustes, et sur les cinq tympans, des reliefs représentant le "Prendimiento", le "Camino del Calvario", la "Crucifixión", le "Descendimiento" et la "Resurrección", toutes des œuvres anonymes réalisées par un atelier local du début du XVIe siècle, fortement influencé par les Flamands. A côté de la porte de la sacristie se trouve la chapelle de Saint Barnabé, suivie de la chapelle de l'Ange Gardien, puis de la chapelle de la Présentation.

Tableau du maître-autel

La construction du retable de la chapelle principale a commencé en 1618 et a été conçue dans le style maniériste par Alonso Matías.49 En 1627, le travail architectural a été poursuivi par Juan de Aranda Salazar, et le retable a été achevé en 1653.99 La sculpture a été exécutée par les artistes Sebastián Vidal et Pedro Freile de Guevara. Les peintures originales étaient de Cristóbal Vela et ont été remplacées en 1715 par celles d'Antonio Palomino. Le retable est divisé en trois sections flanquées de colonnes composites. Le corps central abrite à sa base le tabernacle, exécuté par Pedro Freile de Guevara, tandis que la partie supérieure contient une toile de l'Assomption. Les parties latérales abritent les toiles des quatre martyrs : San Acisclo et Santa Victoria dans la moitié inférieure et San Pelayo et Santa Flora dans la moitié supérieure. Les toiles supérieures sont flanquées des sculptures de Saint Pierre et Saint Paul, et la partie centrale est couronnée par un relief de Dieu le Père.

Chœur

Les stalles du chœur, situées devant le retable principal, ont été réalisées par Pedro Duque Cornejo entre 1748 et 1757.4963100 L'ensemble a été sculpté principalement en bois d'acajou et présente une rangée de 30 chaises dans la zone supérieure et une autre de 23 dans la zone inférieure, toutes décorées de façon complexe avec des reliefs, dont une série de scènes iconographiques. Les reliefs de la partie supérieure représentent la vie de Jésus-Christ sur le côté droit et la vie de la Vierge Marie sur le côté gauche, tandis que les petits médaillons sont tous des scènes de l'Ancien Testament ; la partie inférieure présente également des scènes des martyrs de Cordoue. Au centre de l'ensemble, sur le côté ouest, se trouve un grand trône épiscopal, commandé en 1752, qui ressemble au dessin d'un autel. La partie inférieure du trône abrite trois chaises, mais l'élément le plus impressionnant est la représentation de l'Ascension de Jésus qui le couronne. La figure de proue est la sculpture de l'archange Raphaël.