Le monastère royal de San Millán de Yuso est situé dans la ville de San Millán de la Cogolla, sur la rive gauche de la rivière Cárdenas, au cœur de la vallée de San Millán.

Il fait partie de l'ensemble monumental de deux monastères, avec le monastère plus ancien de San Millán de Suso.

La construction de ce monastère a été ordonnée en 1053 par le roi García Sánchez III de Navarre.

L'histoire de sa fondation est liée à une légende basée sur un miracle de Saint Millán, un jeune berger devenu ermite. Lorsque Millán est mort en 574, à l'âge de 101 ans, ses disciples l'ont enterré dans sa grotte, et le premier monastère, San Millán de Suso, s'est formé autour de lui. Saint Braulio, cinquante ans après la mort de Saint Millán, a écrit sa vie.

Le roi navarrais García III était très attaché à San Millán. Comme il venait de fonder le grand monastère de Santa María la Real de Nájera dans cette ville, qui était la cour du royaume, il voulut y porter les restes mortels de la sainte, qui étaient enterrés dans le monastère de San Millán de Suso.

Le 29 mai 1053, les restes du saint ont été placés dans un chariot tiré par des bœufs et ils ont pris la route, au grand mécontentement des moines qui étaient dévastés par la perte de leur saint patron. Lorsqu'ils atteignirent la plaine, près de la rivière, les bœufs s'arrêtèrent et ne voulurent plus marcher ; il n'y avait aucun moyen de les forcer. Le roi et toute la suite comprirent qu'il s'agissait d'un miracle, que San Millán imposait sa volonté de ne pas passer de là et d'être à nouveau enterré en ces lieux. C'est alors que le roi ordonna la construction du nouveau monastère, qui fut appelé Yuso, par opposition à celui du dessus, Suso.

Jusqu'en 1100 au moins, les deux monastères ont coexisté, celui du dessus, Suso, et celui du dessous, Yuso. Le premier est resté fidèle à la tradition : règle mozarabe et caractère duplex avec une double communauté de moines hommes et femmes. La seconde, réformée avec la règle bénédictine.