Le musée El Greco est une maison-musée consacrée au peintre maniériste Domenikos Theotokopoulos, qui est né en Crète mais a réalisé la plupart de ses œuvres à Tolède. L'institution, qui a été ouverte en 1911 pour rassembler les œuvres de l'artiste crétois, est une reconstitution de celle dans laquelle le peintre avait l'habitude de travailler. Le musée, qui relève du ministère de la culture et des sports, est géré exclusivement par la direction générale des beaux-arts.

Le musée conserve une vingtaine de toiles du Greco, dont les Apôtres, considérés comme étant de la plus haute qualité de tous ceux conservés, l'une des meilleures versions des Larmes de saint Pierre, les portraits de Diego de Covarrubias et de son frère Antonio, le Retable de saint Bernardino, prêté par le musée du Prado, et la Vue et le plan de Tolède, peut-être la pièce la plus importante de l'institution. De même, en 2021, le ministère de la Culture a acquis la Crucifixion pour le musée El Greco, la première peinture du Crétois à être intégrée à la galerie d'art depuis sa fondation en 1910.

Le musée possède également un répertoire notable d'œuvres de Luis Tristán, considéré comme le meilleur disciple d'El Greco, dans l'œuvre duquel il a combiné la forte empreinte de son maître avec celle du naturalisme caravagesque qu'il a connu pendant sa période de formation à Rome. Parmi les autres artistes représentés, citons Jorge Manuel Theotocópuli, le fils du Greco - et dont une copie d'Expolio, propriété du Prado, est exposée - ainsi que Sánchez Coello, Bartolomeo Passerotti, Herrera l'Ancien, Juan Bautista del Mazo (avec un superbe portrait de la reine Mariana d'Autriche vêtue de coiffes de veuve, cadeau de Huntington au marquis de la Vega-Inclán), Valdés Leal, Joaquín Sorolla (Portrait du marquis de la Vega-Inclán) et Raimundo de Madrazo. Nombre de ces œuvres étaient destinées au "Musée d'art espagnol", un projet conçu par le marquis qui ne s'est jamais concrétisé et qui devait servir à contextualiser l'œuvre du Greco.

Au moins 25 de ces œuvres ont été prêtées par le Museo del Prado.