Le musée sépharade occupe l'ancien couvent des chevaliers de Calatrava, annexé à la synagogue d'El Tránsito, et présente les aspects historiques, religieux et coutumiers du passé juif en Espagne, ainsi que ceux des sépharades, les descendants des Juifs qui vivaient dans la péninsule ibérique jusqu'en 1492.

En 1964, il a été décidé que la synagogue de El Tránsito ou la synagogue de Samuel ha-Leví serait le siège du musée sépharade, dont l'objectif est de conserver l'héritage de la culture juive espagnole et sépharade afin qu'elle devienne une partie essentielle du patrimoine historique espagnol, une tâche qu'il accomplit encore aujourd'hui. Conformément aux dispositions du décret royal 1305/2009, du 31 juillet, qui crée le réseau des musées d'Espagne, le musée sépharade est l'un des musées nationaux appartenant à l'État et géré par lui, rattaché au ministère de la culture.

Il s'agit d'un musée national espagnol rattaché au ministère de l'éducation, de la culture et des sports, et géré exclusivement par la direction générale des beaux-arts et du patrimoine culturel.

La première salle présente l'histoire, la géographie et la culture du peuple juif dans le Proche-Orient ancien, d'où sont issues, selon les écrits bibliques, les traditions qui survivent dans leur vie quotidienne. Des objets archéologiques datant de 2000 avant J.-C. au 1er siècle après J.-C. sont exposés, ainsi qu'une grande variété d'objets culturels liés à ce qu'est et ce que signifie être juif, leurs croyances et leurs coutumes. On y trouve notamment une Torah (le livre saint du judaïsme, composé du Pentateuque) et d'autres objets liturgiques.