Le portail se compose de deux parties bien distinctes, dont la partie supérieure correspond à un fronton baroque ajouté au XVIIIe siècle et surmonté d'une sculpture représentant saint Isidore à cheval, en référence à la tradition de l'étendard ou de la bannière de Baeza conservée au musée. Le portail roman proprement dit, connu sous le nom de « Puerta del Cordero », présente deux archivoltes en plein cintre décorées de moulures à baquet sur des colonnes, tandis qu’une troisième archivolte à voussoirs repose directement sur les jambages et est encadrée d’une moulure en damier. Entre les archivoltes s’intercalent des moulures ornementales avec des volutes et des palmettes, et les colonnes, à disposition coudée, s’appuient sur des bases attiques posées sur des plinthes très élevées qui ne correspondent pas aux originales.

Les chapiteaux présentent une décoration sculpturale riche et expressive, avec des figures humaines dotées de griffes à la place des mains et des pieds, des personnages ailés, des figures accroupies et des motifs végétaux. Le tympan, considéré comme le plus ancien du royaume de León et daté du roman pur du XIe siècle, est sculpté dans du marbre blanc et repose sur des jambages surmontés de têtes de bélier. Il représente le Sacrifice d'Isaac, présidé par l'agneau mystique soutenu par deux anges, tandis que deux autres portent les symboles de la Passion du Christ, suivant une iconographie très répandue dans l'Hispanie mozarabe, où cette scène remplaçait souvent la Crucifixion.

À droite apparaissent Sara à l'entrée de la tente et les deux serviteurs d'Abraham, l'un à cheval et l'autre se déchaussant en signe de respect devant un lieu sacré ; Isaac est également représenté pieds nus, ses sandales étant visibles au sol. Abraham écoute la voix divine, symbolisée par la Dextera Domini, tandis que le bélier du sacrifice apparaît pris dans les broussailles, accompagné d'un ange. Sur le côté gauche figurent les personnages d'Ismaël et de sa mère Agar, Ismaël étant représenté en archer, une représentation exceptionnelle pratiquement exclusive à l'Hispanie du XIe siècle. L'ensemble du relief est réalisé en pierre de la région, bien que dans les écoinçons de l'arc, des pièces sculptées en marbre aient été réutilisées, provenant probablement de l'église de Ferdinand et Sancha, dont la disposition actuelle est incohérente, ce qui indique qu'elles ont été replacées lors d'une restauration ultérieure.

Ainsi, la statue du martyr Pélage porte un livre qui correspondrait à saint Isidore, tandis qu’à côté de ce dernier a été ajouté un bourreau armé d’un couteau qui ferait en réalité allusion au martyre de Pélage ; saint Isidore est toutefois identifiable grâce à l’inscription de son nom près de sa tête. Le musée de San Marcos conserve une sculpture apparentée, représentant saint Vincent d'Avila, dont les reliques sont également parvenues à l'église en 1063. Au-dessus de ces figures se trouvent des reliefs représentant le roi David accompagné de cinq musiciens et d'un violoniste encadré de cercles concentriques, tandis qu'au-dessus de Pelayo apparaissent un violoniste et un tambouriniste.

Au-dessus s'étend une frise interrompue par la moulure extérieure de l'archivolte, sur laquelle sont représentés les signes du zodiaque classés de droite à gauche, identifiés à l'origine par des inscriptions de la seconde moitié du XIe siècle, dont certains vestiges sont conservés hors de leur emplacement d'origine, confirmant une nouvelle fois la réutilisation d'éléments sculpturaux de l'édifice antérieur.