L'église de San Cipriano est une église romane datant du 11e siècle, mais elle a été entièrement restaurée et réaménagée à la fin du 20e siècle, ce qui lui donne un aspect éclectique au début du 21e siècle. C'est l'une des plus anciennes églises de la ville. Elle a été construite avec trois nefs, dont une seule existe aujourd'hui, et des deux façades d'origine, seule celle du sud subsiste. L'église a une tour attachée à son coin sud-ouest. Il est classé monument national depuis 1931 et est fermé au culte. Il accueille actuellement les concerts du Festival international de musique "Pórtico de Zamora".

La première nouvelle de son existence est enregistrée dans la Regesta de Fernando II, publiée par Julio Gómez, où il est indiqué que le roi se trouvait à Zamora en 1159. Il apparaît également dans une lettre de donation de 1178. Certains auteurs, comme Fernández Duro5, font remonter son existence à 1022 en se basant sur les chiffres romains qui apparaissent sur le chrisme. D'autres auteurs suggèrent même son existence en 1025, sous le règne d'Alphonse V. Dans tous les cas, il s'agissait d'un temple inclus dans l'enceinte fortifiée.

Il semble évident qu'il y avait une église à cet endroit à la fin du XIe siècle, comme le montrent une inscription de 1093 et quelques reliefs d'origine inconnue, qui ont été encastrés dans différentes parties de l'édifice. Plus tard, cet édifice sera ruiné et on construira celui-ci, qui a également subi plus d'un changement substantiel dans son organisation, puisque son plan basilical primitif a été réduit à une seule nef, bien qu'avec le triple chevet droit si typique du style roman de Zamora. Selon Ramos de Castro, la chapelle principale et la chapelle de l'Évangile, l'entrée de la chapelle de l'Épître et certaines parties du mur nord datent de la fin du XIe siècle.

Au 12ème siècle, l'aile sud a été reconstruite et la tour a été construite au-dessus d'un passage avec un arc en ogive, où les images sacrées étaient exposées pour la dévotion. Il y avait un puits dans le petit atrium, qui a été recouvert par un puits dangereux dans les années 1960.

L'église a été reconstruite vers 1980. Au XIe siècle, elle avait trois nefs, chaque nef se terminant au niveau du chœur par une petite fenêtre à croisillons, avec des ferronneries de l'époque, certaines des plus anciennes ferronneries conservées en Espagne.

À ses débuts, il s'agissait d'un temple à trois nefs qui a été perdu au fil des siècles. La seule nef restante présente une abside tripartite avec une extrémité d'abside plate. Cette abside est couverte par des voûtes en berceau. Les trois chapelles sont similaires à celles de Santo Tomé. Les espaces dédiés aux baptistères et à la sacristie étaient à l'origine des chapelles funéraires adjacentes aux murs des nefs. Des deux entrées de l'église qui existaient à l'origine, seule celle qui est orientée vers le sud a survécu. Cette entrée consiste en un arc semi-circulaire avec trois archivoltes. Les nefs ont un toit en bois qui a été installé lors d'une rénovation en 1975 ; ce toit est soutenu par des arcs perpendiculaires.

Attachée à l'angle sud-ouest du bâtiment se trouve une tour carrée avec une sorte de flèche en ardoise. La couronne est percée de chaque côté par des paires d'ouvertures de beffroi. Il date du milieu du 12e siècle. Il est possible qu'il s'agisse d'une tour de guet défensive sur l'ancien mur.