Los Reyes Católicos aprobaron la creación de la Casa de Contratación de Indias en 1503, que se encargaba de promover y regular el comercio y la navegación con los territorios españoles de ultramar, además de realizar tareas como el envío y la recepción de mercancías, actividades técnicas y científicas, y actividades judiciales.

La Casa de Contratación se extendía desde la actual plaza de la Contratación, donde tenía su fachada principal, hasta el patio de Montera, incluyendo los edificios situados al oeste de la plaza. Esta institución se trasladó a Cádiz en 1717 y desapareció en 1793.

Desde el patio de la Montera se accede a la sala del Almirante, donde destacan las siguientes pinturas La Inauguración de la Exposición Iberoamericana de 1929, que preside la sala, obra del pintor Alfonso Grosso; Los últimos días de San Fernando, de Virgilio Mattoni; La toma de Loja por Fernando el Católico, obra de Eusebio Valldeperas; y los retratos de Fernando VII y María Este espacio se utiliza para actos públicos.

A continuación se encuentra el Salón de Audiencias, convertido en capilla en el siglo XVI. Tiene un suntuoso techo de tracería del siglo XVI con decoraciones geométricas. La capilla tiene una escalera de piedra adosada al muro que recorre todo el perímetro, y preside la sala un retablo en forma de tríptico de Alejo Fernández,70 realizado entre 1531 y 1536. La imagen de la Virgen de los Navegantes domina el centro, flanqueada por San Sebastián y Santiago a un lado y San Telmo y San Juan Evangelista al otro.