El patio del crucero está situado al oeste del patio de la Montería. Fue construido en el siglo XII, en época almohade, pero fue reformado posteriormente. Las bóvedas de crucería se añadieron durante el reinado de Alfonso X. El jardín tenía dos niveles, el más alto de los cuales correspondía al patio actual, con dos galerías principales en forma de cruz y cuatro periféricas, y un segundo nivel, 4,7 m por debajo del primero, ocupado por un jardín de naranjos dividido en cuatro secciones, con una gran fuente en el centro y estanques en los extremos.

Este jardín inferior fue cubierto y rellenado con tierra tras el terremoto de Lisboa para formar el actual patio rectangular. Los restos visibles de este piso inferior pueden verse desde el patio del Crucero, y la única parte que se conserva son los llamados baños de la Mara Padilla, a los que se accede desde el jardín de la Danza. Este sótano está formado por una gran nave de diez tramos que se cubren con bóvedas de crucería. Una larga bóveda de cañón protege la entrada desde el jardín.

En la actualidad, es un patio rectangular con un jardín dividido en cuatro cuadrantes por setos de mirto, en los que crecen boneteros, júpiteres, palmeras, buganvillas y jazmines.

En el siglo XVIII se realizaron varias obras en el patio del Crucero y en el palacio gótico. La fachada del palacio gótico que da al patio del Crucero fue completamente renovada en estilo barroco. También se renovaron las demás fachadas del patio y se enterró todo el jardín para elevar su suelo al nivel de los salones. Los laterales de los pasillos del patio se tapiaron y se dejaron como cámaras subterráneas.