Felipe II, promovió el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial, entre otras cosas, para honrar su victoria en la Batalla de San Quintín el 10 de agosto de 1557, día de San Lorenzo. Bajo la dirección de Juan Bautista de Toledo, este combate supuso el inicio de la fase de planificación que desembocó en la colocación de la primera piedra el 23 de abril de 1563. Tras su muerte en 1567, le sucedieron el italiano Giovanni Battista Castello El Bergamasco y posteriormente su alumno Juan de Herrera. El 13 de septiembre de 1584, veintiún años después de la colocación de la última piedra.

Según el testamento final de Carlos I, fechado en 1558, había que crear un monasterio para asegurar el culto en torno a un panteón familiar recién establecido. El Emperador prefirió ser enterrado lejos de los típicos cementerios de Trastámara, junto a su esposa portuguesa Isabel y su nueva dinastía.

El monasterio se fundó "por la devoción y en nombre del bienaventurado San Lorenzo por la particular devoción" al santo del rey y "en memoria de la merced y victoria que ganamos en San Quintín", según consta en la Carta de Fundación, firmada por Felipe II el 22 de abril de 1567, cuatro años después del inicio de la construcción. Esta omisión de la batalla de San Quintín se debe probablemente al deseo de evitar citar una guerra como motivo para fundar un edificio religioso. Las "consideraciones" del rey incluían dar gracias a Dios por las bendiciones recibidas, mantener sus reinos como centros de la fe cristiana en justicia y paz, realizar actos de culto e inhumarse a sí mismo, a sus esposas, hermanos, padres, tías y sucesores en "una cripta" donde se rezaría continuamente por sus almas. Vista del Monasterio de El Escorial, por Michel-Ange Houasse.

Un reconocimiento a las "muchas y vastas bendiciones" que Dios Nuestro Señor nos ha proporcionado, así como a "lo mucho que ha contribuido a conducir y guiar nuestras obras y nuestros negocios a su santo servicio."

"Por apoyar y sostener estos nuestros Reinos en Su santa Fe y Religión, y en paz y justicia,"

Dios disfruta viendo creadas y establecidas iglesias "donde su santo nombre es exaltado y alabado" y donde los fieles sirven de ejemplo de su fe.

Según la orden dada por el Emperador, "en el cobdecilo que recientemente hizo, nos encomendó y remitió lo concerniente a su sepultura y al lugar y parte donde su cuerpo y el de la Emperatriz y Reina, mi señora y madre, había de ser puesto y depositado". Esto se hizo para que "Dios Nuestro Señor ruegue e interceda por nosotros y por los reyes nuestros predecesores y antecesores, y por el bien de nuestras almas".

Además, se establecía que "se hagan constantes oraciones, sacrificios, conmemoraciones y monumentos por sus almas".

En otras palabras, el monarca quería ofrecer a Dios un lugar donde alabarle y agradecerle la ayuda prestada a su familia en San Quintín rezando por ellos. Felipe II quería dar a Dios un lugar donde vivir y enterrar a su extensa familia, no una iglesia para los fieles. Tampoco se puede pasar por alto la celebración del primer triunfo de Felipe II como rey, el insulto que supuso para Francia la mención de la batalla de San Quintín, que se libró a sólo 150 kilómetros de París, la veneración del mártir español San Lorenzo en un momento en el que la Reforma atacaba el culto a santos y reliquias, o la necesidad de establecer un eje unificador de la nueva fe resultante del Concilio de Trento.

Juan Bautista de Toledo fue invitado a España por Felipe II en julio de 1559 para completar una serie de tareas monumentales para la aristocracia española. Era necesario construir un nuevo edificio que sirviera de representación a una realeza que, en adelante, entendería de otra manera el Estado moderno. El Monasterio de El Escorial fue proyectado por primera vez por Juan Bautista, a quien se atribuye el mérito de sentar las bases del lenguaje herreriano.

Según el padre Sigüenza en 1605, el rectángulo de la planta mide 735 por 580 pies castellanos, o 205 por 162 metros. El punto más alto de la cruz se eleva 95 metros en total si se mide en relación con el suelo de la iglesia