El Monasterio fue inscrito en la Lista del Patrimonio Mundial. como "El Escorial: Monasterio y Sitio" el 2 de noviembre de 1984, coincidiendo con la conmemoración del 400 aniversario de la colocación de la última piedra. El Comité del Patrimonio Mundial de la UNESCO se reunía entonces en la ciudad argentina de Buenos Aires. El Monasterio y otras dos residencias reales, la Casita del Príncipe y la Casita del Infante, ambas creadas por Juan de Villanueva durante el reinado de Carlos III, figuran en esta lista.

El Monasterio aparece en una moneda conmemorativa de 2 euros que el Banco de España editó en 2013 como parte de su serie de Edificios Patrimonio de la Humanidad.