La Alcazaba actual es el resultado de cuatro etapas: la época andalusí, de los siglos X al XV; la Reconquista, a finales del siglo XV; el siglo XVIII; el abandono de su estructura militar y el deterioro, del siglo XIX a principios del XX; y su recuperación como Monumento Histórico-Artístico, desde los años 30 del siglo XX hasta la actualidad.

Los historiadores musulmanes afirman que Badis ben Habs, monarca bereber de Taifa, ordenó erigir la Alcazaba con mármol, columnas y estatuas procedentes del cercano teatro romano. Otros investigadores discrepan, ya que hay pruebas de que el recinto amurallado fenicio fue renovado, no construido. Antes de Ben Habs, la dinastía hammudí, últimos califas de Córdoba y monarcas de la taifa de Málaga, utilizaron la Alcazaba como espléndido palacio.

Los almorávides y almohades la invadieron en 1092 y 1146. En 1279, Muhammad II Ben al-Ahmar la cedió al reino nazarí de Granada.

Fernando el Católico asaltó el castillo de Hamet el-Zegr y sus gólems en Málaga tras conquistar El Zagal en Vélez. La Alcazaba era entonces una fortaleza nazarí. El asedio comenzó el 5 de mayo de 1487, con 3.000 gólems y 8.000 hombres armados en el ejército nazarí. Alí Dordux abandonó la Alcazaba el 18 de agosto tras convertirse en mudéjar, mientras que El Zegr y Alí Derbal lideraron el Alcázar de Gibralfaro durante dos días más hasta sucumbir de hambre y sed. Los Reyes Católicos llegaron el 19 de agosto e izaron la cruz y la bandera castellana en la torre del homenaje de la Alcazaba. El rey Fernando regaló a Málaga una talla de la Virgen de la Victoria, patrona de la ciudad. El monarca español recibió la talla de manos del emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Maximiliano I.

El terremoto de 1680 y el bombardeo de la Guerra de los Nueve Años por nueve barcos franceses desde la bahía de Málaga en 1693 aceleraron el declive de la alcazaba. Después de 1675, la alcazaba se deterioró. Entre 1733 y 1735, el gobernador de la Alcazaba, Francisco Antonio de Unzaga Amézaga y Aperribay, permitió a los plebeyos asistir a misa en la capilla-mezquita del oratorio de San Gabriel de la Alcazaba. El gobernador solicitó permiso al rey para restaurar esta capilla en la calle del Zagal, cerca del teatro romano, gravemente destruido en los terremotos de 1693.

El secretario de Estado, Manuel Godoy, construyó allí el Hospital Real de San Luis después de que 479 franceses fueran encarcelados allí durante la Guerra del Rosellón en 1794. Los muros exteriores y parte del recinto interior se utilizaron para construir una casa de labranza. La restauración comenzó en la década de 1930.