El monasterio de San Francisco, construido en la primera mitad del siglo XIV, tiene una iglesia llamada San Francisco de Oporto.

La estructura es de granito y combina características góticas y románicas. El pórtico barroco se construyó entre los siglos XVII y XVIII.

La enemistad que el entonces obispo de Oporto, Dom Pedro Salvadores, mostró hacia la Orden Franciscana durante muchos años, llegando incluso a desterrarla de la ciudad, dificultó enormemente el asentamiento de los franciscanos en la ciudad tras su llegada en 1233. Gracias a la intervención del Papa Inocencio V, quien, mediante la bula Doelentis accepimus, confirmó la soberanía de la orden franciscana sobre la propiedad, los frailes franciscanos obtuvieron permiso para construir la iglesia inicial del monasterio de San Francisco en 1245. Con mucho apoyo público, la construcción de la actual iglesia comenzó en 1383 y se terminó en 1410.

Gracias a las aportaciones de las familias de Oporto que construyeron sus panteones en el recinto de la iglesia a lo largo de unos 160 años, entre los siglos XVI y XVII, el interior de la iglesia fue revestido de madera por los imagineros portugueses, dándole su aspecto actual.

El incierto clima político de la nación durante el siglo XIX causó importantes daños a la iglesia. La estructura fue utilizada como establo en 1809, cuando las tropas napoleónicas ocupaban Portugal, lo que provocó daños en varios de los retablos de la iglesia y otros elementos decorativos como las columnas. El monasterio fue demolido durante la Guerra Civil portuguesa (1828-1834), quedando sólo la iglesia en pie. Los miembros de la Orden Franciscana fueron desterrados de la nación por decreto del rey Pedro IV tras la conclusión de la guerra, por haberse puesto del lado del rey Miguel I, rival de Pedro IV. En la ubicación original del convento se construyó el actual Palacio de la Bolsa.

Fue declarado Monumento Nacional en 1910. La iglesia se incluyó en el conjunto monumental de la ciudad de Oporto (Portugal) cuando se inscribió en la Lista del Patrimonio Mundial en 1996.

La estructura de la iglesia, que es un ejemplo destacado de la arquitectura gótica de Oporto, no ha sufrido cambios significativos desde 1410.

La iglesia de nueva construcción, que tenía tres naves en cinco tramos, un crucero saliente y una cabecera tripartita con contrafuertes, aumentó significativamente el tamaño de la estructura anterior. Se terminó en 1410. Dos contrafuertes escalonados refuerzan la fachada principal (la misma solución se utiliza para reforzar el transepto, el ábside y los ábsides).

El modelo planimétrico elegido es comparable al que se ha utilizado con éxito en numerosas iglesias portuguesas desde el gótico mendicante del siglo XII. La presencia de temas lagrimales con decoraciones de esferas en la parte superior de la capilla mayor, de influencia gallega, es un rasgo regional significativo.

Un rosetón de doce piezas está dividido en doce secciones en la fachada principal por columnas radiales unidas por arcos. El retablo barroco del portal-fachada se añadió en el siglo XVIII. Tiene dos niveles, el primero de ellos flanqueado por columnas salomónicas gemelas, y el segundo contiene una hornacina con una imagen de San Francisco y está rodeado de ménsulas y columnas salomónicas.

Una cornisa se apoya en ménsulas a lo largo de la fachada sur, que da al río Duero. En esta fachada se encuentra una portada relativamente sencilla con tres arquivoltas apuntadas. Los relieves de estilo mudéjar adornan las molduras interiores. Sobre la puerta hay un frontón decorado con un pentagrama.

Otro pentagrama se encuentra en la fachada posterior, sobre el altar, y está enmarcado por un pequeño rosetón con tracería alrededor.

La iglesia actual consta de tres naves, cada una con cinco tramos. La nave central es más alta que las laterales y presenta un artesonado de madera a dos aguas. Los diez tramos de arcos apuntados que componen las naves se apoyan en columnas fasciadas con capiteles zoomorfos y fitomorfos; cuatro de estas columnas definen el coro. Como ya se ha indicado, el presbiterio es tripartito, y el crucero es saliente y está profusamente iluminado. Los macizos contrafuertes que rodean el altar mayor son más profundos. Sólo la ventana del lado sur del crucero recibe luz porque la del lado norte fue obstruida cuando se construyó el Palacio de la Bolsa. El revestimiento del techo de la nave central y del crucero se instaló en 1732.

Una estatua de San Francisco de Asís del siglo XIII es la única obra de arte de la iglesia original que ha sobrevivido. Una de las primeras pinturas murales que se conservan en el país, atribuida a Antonio Florentim, fue pintada durante el reinado de D. Juan I y representa a Nuestra Señora de la Rosa. Un retablo de 1740 enmarca actualmente el conjunto.

La Capilla de Nuestra Señora de la Concepción, también conocida como el Árbol de Jesé, es una talla de Antonio Gomes y Filipe da Silva que se encuentra en el lado izquierdo de la iglesia. Se trata de una revisión de una obra anterior realizada entre 1718 y 1721. De la obra anterior destacan las estatuas creadas por el escultor bracarense Manuel Carneiro Ado en 1719. Se trata de un grabado multicolor que muestra el árbol genealógico de Jesús, con doce reyes de Judá conectados al cuerpo reclinado de Jesé por las ramas del árbol. José está situado bajo una imagen de la Virgen y el Niño en la parte superior del árbol. En los nichos que rodean el conjunto se encuentran las estatuas de San Joaquín y Santa Ana, padre y madre de María, así como de cuatro médicos franciscanos que escribieron sobre la Inmaculada Concepción.

El barroco juanino portugués alcanzó su apogeo en la década de 1750, y en la catedral se pueden encontrar obras de esta época con influencias rococó. El retablo de la Anunciación y el retablo en honor a los santos mártires franciscanos marroquíes son dos ejemplos. José Teixeira Guimares y Francisco Pereira Campanha fueron los encargados de añadir nuevos elementos a la iglesia entre 1760 y 1773. Entre estos retablos se encuentran los de la Virgen de la Soledad, la Virgen de la Anunciación y San Juan Bautista en la capilla de los Carneiros, en el crucero.

La secretaría y la oficina de la orden en Oporto se encontraban bajo las catacumbas de la iglesia de San Francisco, que fueron construidas bajo la casa perteneciente a la iglesia entre 1746 y 1749. Después de la fase inicial se añadieron otras dos fases de construcción. En 1795, los arquitectos Antonio Pinto Miranda y Vicente Mazzonneschi añadieron una subestructura bajo la iglesia. El suelo bajo la iglesia de San Antonio fue cubierto por la segunda adición, que se completó en 1802.

Los patronos de la Orden en Oporto y sus familias fueron enterrados aquí entre 1749 y 1866. En base a la Ley de Salud Pública del Ministro Costa Cabral, los enterramientos se interrumpieron en 1866. Los enterramientos en el cementerio pertenecían a todos los hermanos, a excepción de los más antiguos, según el estatuto de 1751. Los hermanos comenzaron a ser enterrados en una sección separada del cementerio municipal de Agramonte a partir de 1866.