El origen del inmueble se remonta a un ambicioso proyecto inacabado de Pedro Díaz de Palacios, entonces maestro mayor de la catedral de Málaga, al que se le encarga en 1629 la construcción de la Iglesia de San Pedro en el barrio del Perchel, como apoyo a la antigua parroquia de San Juan. Para ello, se proyecta una iglesia de tres naves, capilla mayor, sacristía y torre, en la que se combinan elementos ornamentales clásicos, heredados del renacimiento, junto con el mudejarismo de la magnífica armadura de par y nudillo que cubre la nave. Por diversas causas, este proyecto no se concluyó, llevándose a cabo solo la construcción de una nave, así como la simplificación de otros elementos, en la cabecera, y quedando la proyectada torre en una espadaña, eliminada posteriormente por la torre-campanario vigente. En el primer cuarto del siglo XVIII, se construyó la monumental capilla del Sagrario, de claro estilo barroco, atribuida al maestro Unzurrunzaga. Destaca en ella su rica ornamentación, compuesta de exuberantes yeserías y pinturas, próximas al pintor malagueño Diego de la Cerda.

A comienzos del siglo XX y después de los sucesos acaecidos en 1931 y 1936, al encontrarse el inmueble en estado ruinoso, se decide su reconstrucción, según los proyectos presentados en 1942 y 1943 por el arquitecto Enrique Atencia. En la memoria de la restauración, se respetaba la estructura de la iglesia pero añadiéndole dos capillas para albergar las imágenes de la cofradía del Cristo de la Expiración. En la actualidad, el inmueble destaca por la sobriedad y monumentalidad de sus formas, junto a la sencillez que presenta su magnífica portada, realizada en piedra rojiza que resalta sobre el enjabelgado del muro. Asimismo, se pueden señalar los valores identitarios, incrementado en los últimos cincuenta años por la presencia de la cofradía del Cristo de la Expiración, cuyas imágenes titulares poseen un gran poder de devoción y concentración para buena parte de la población malagueña.

El templo presenta una construcción muy sencilla, de una sola nave, cubierta con armadura de par y nudillo, reforzada con tirantes de lazo que apoyan en pares de canes empotrados en los muros laterales.

El muro piñón de la cabecera se reviste de madera mientras en los pies aparece desnudo, en cuyo frente se abren tres óculos. En los muros perimetrales se adosan grandes arcos de medio punto, doblados, en su mayor parte ciegos, soportados por pilastras de orden dórico. En la zona superior de los mismos se abren vanos abocinados cubiertos de vidrieras.

La capilla mayor presenta la cabecera con testero plano, compuesto de un arco de medio punto ciego y adosado, de similares características que en los muros perimetrales de la nave.

En el lado izquierdo del presbiterio se ubica la pila bautismal. Está realizada entre 1600 y 1699, en piedra caliza, tallada y pulimentada. Se compone de un pie cilíndrico sobre base de sección octogonal y pila de forma circular con interior y exterior avenerado.

A los pies de la nave se encuentra el coro, realizado en madera, elevado sobre cuatro jacenas, de las cuales la primera apoya sobre dos canes y soporta un antepecho de balaustres.