Fue creado por Felipe II, hombre amante de la naturaleza, y es un lugar ideal para la reflexión. Este monasterio es mencionado por Manuel Azaa, que asistió allí al colegio de los frailes agustinos, tanto en sus memorias como en el libro: El jardn de los frailes. Para los alumnos, sirve tanto de espacio de estudio como de recreo. Los jardines pertenecían al rey, que los consideraba un lugar para cultivar frutas, verduras y plantas medicinales, así como un lugar de belleza con fuentes y flores. El monarca contrató a los mejores jardineros, tanto extranjeros como españoles, y coleccionó planos de jardines de Francia, Italia, Inglaterra y los Países Bajos. Este jardín, ahora espartano, estaba cubierto de flores, creando una especie de tapiz, por lo que se comparaba con las alfombras traídas de Turquía o Damasco. Además, era un verdadero jardín botánico con 400 plantas importadas del Nuevo Mundo, hasta 68 especies de flores diferentes, muchas de ellas terapéuticas.

La Galería de la Convalecencia o Corredor del Sol, una zona amplia y luminosa creada para el descanso de los enfermos, se encuentra al suroeste del jardín. Tal vez debido a la necesidad de asegurar la clausura de los monjes, se apoya en la torre de la botica. En contraste, con la fachada más abierta que da a los jardines, donde la solución de arcos sobre columnatas jónicas es única en el monasterio, está la sobria fachada que da al oeste.