El monasterio de San Millán de Suso o monasterio de Suso se halla ubicado cerca de la villa de San Millán de la Cogolla, en la margen izquierda del río Cárdenas.

Forma parte del conjunto monumental de dos monasterios, junto con otro construido posteriormente y que se sitúa más abajo, llamado Monasterio de San Millán de Yuso, ambos declarados Patrimonio de la Humanidad.

Iniciada su construcción a finales del siglo VI, tiene su origen en un cenobio visigodo establecido alrededor del sepulcro del eremita Aemilianus (Millán) o Emiliano, fallecido en el año 574.

A lo largo de los siglos siguientes y hasta el siglo XII sufre distintas ampliaciones como consecuencia del cambio de vida eremítica a la cenobítica y posterior monástica, distinguiéndose en ellas el estilo mozárabe y el románico.

Su importancia no es sólo artística y religiosa, sino también lingüística y literaria. Aquí un monje escribió las Glosas Emilianenses, que eran anotaciones aclaratorias en los márgenes de las páginas escritas en latín. Dichas anotaciones estaban escritas en romance.

En este monasterio aparecen a su vez las primeras anotaciones escritas en euskera, por lo que se ha considerado la cuna de dichos romances hispanos y del euskera.

Aquí habitó asimismo el monje y primer poeta de nombre conocido en castellano, Gonzalo de Berceo.

También la tradición atribuye que en el "portaliello" de este monasterio están los que pasan por ser los sarcófagos de los siete infantes de Lara de la leyenda.

En los primeros tiempos de la llegada de los visigodos a la Península, se retiró a este lugar apartado y recóndito el anacoreta Aemilianus (Millán), hijo de un pastor y natural de Vergegium, actual Berceo. Aquí vivió como ermitaño, cobijado en una pequeña celda, muriendo a la edad de 101 años y siendo enterrado en una tumba excavada en la roca.

El pequeño monasterio se construyó alrededor de la celda rupestre del ermitaño. En una primera etapa (siglo V y principios del VI) se excavan cuevas aprovechando oquedades del terreno, las cuales se distribuyen en dos niveles destinadas a habitaciones, y otras dos a oratorio, donde actualmente se sitúan el cenotafio de San Millán y el osario.