El monasterio benedictino de San Pedro de Rodes se halla en el término municipal del Puerto de la Selva. Construido en la falda de la montaña de Verdera por debajo de las ruinas del castillo de San Salvador de Verdera que le había dado protección, con una vista excepcional sobre la bahía de Llansá y del Puerto de la Selva, al norte del Cabo de Creus.

Cerca del monasterio están las ruinas del poblado medieval de la Santa Cruz de Roda, del que solo queda en pie su iglesia de estilo prerrománico dedicada a santa Elena.

Fue restaurado a raíz de la publicación del libro que presentó el hallazgo y análisis de un reducido maletín conteniendo reliquias identificables como de san Pedro Apóstol que en el año 610 fueron alejadas por mar de la ciudad de Roma donde habían sido veneradas en la subterránea cripta (la Confesión bajo el altar) de la Antigua Basílica de San Pedro. Allí nunca regresaron.

Dentro de un «maletín» decorado con láminas de hueso, y envuelto con un delantal a la medida del pontífice Gregorio Magno había diminutos relicarios. Además incluyó en su interior una ara portátil (con inscripciones) destinada a celebrar misa los religiosos custodios durante su travesía marítima, cuando Roma estuvo seriamente amenazada por una invasión oriental.

El lote de relicarios (sin tapa) fue accidentalmente recuperado justo doce siglos después de su ocultación en el muro de la cripta subterránea bajo el altar mayor de San Pedro de Roda. Las excavaciones arqueológicas posteriores a 1990 dieron muy buenos resultados, promoviendo incluso la restauración de todo el complejo abacial, y en especial la iglesia.

Hasta descubrirse dichas reliquias, era imposible justificar las vastas dimensiones de la iglesia y del monasterio, al ser un sector muy aislado en la costa del golfo de Rosas, pero posteriormente se hallaron allí varios tesoros: Monedas de oro y plata, antiguas baldosas de cerámica, e incluso pinturas románicas en los muros de un claustro inferior, desconocido hasta mediados del siglo XX.

Se desconoce el verdadero origen del monasterio, lo que dio lugar en el pasado a especulaciones y leyendas, como la de la fundación por monjes que desembarcaron en la zona con los restos de san Pedro y otros santos, que debían custodiar para no ser profanados por las hordas bárbaras que caían sobre Roma. Pasado el peligro, el papa Bonifacio IV habría mandado construir el templo.

Sin embargo, la primera documentación de la existencia del establecimiento data del año 878 siendo mencionado como una simple celda monástica consagrada a San Pedro, pero no es hasta el año 945 cuando se considera un monasterio benedictino independiente, regido por un abad.

Ligado al condado de Ampurias, llega a su máximo esplendor entre los siglos XI y XII. En él se celebran jubileos hasta su decadencia en el siglo XVII. Su importancia creciente lleva a convertirlo en un punto de peregrinaje de la época.

A partir del siglo XVII es saqueado en varias ocasiones y en 1793 fue abandonado por la comunidad benedictina que se trasladó a Via-sacra y, finalmente, se instaló en Figueras en 1809 hasta que fue disuelta.

En 1930 fue declarado monumento nacional y en 1935 la Generalidad de Cataluña inició las primeras restauraciones.

En las excavaciones realizadas durante 1990 y 1991 aparecieron restos del claustro del siglo XI, pinturas anteriores al siglo XII y la necrópolis del siglo X y siglo XI, entre otros restos.