El Real Monasterio de San Millán de Yuso está situado en la villa de San Millán de la Cogolla, en la margen izquierda del río Cárdenas, en pleno valle de San Millán.

Forma parte del conjunto monumental de dos monasterios, junto con el más antiguo Monasterio de San Millán de Suso.

Este monasterio fue mandado construir en el año 1053 por el rey García Sánchez III de Navarra.

La historia de su fundación va unida a una leyenda basada en un milagro de san Millán, un joven pastor que se hace ermitaño. Cuando en 574 muere Millán, a la edad de 101 años, sus discípulos lo entierran en su cueva, y alrededor de ella se va formando el primer monasterio, el de San Millán de Suso. San Braulio, cincuenta años después de muerto san Millán, escribe la vida de este.

El rey navarro García III era muy devoto de San Millán. Como acababa de fundar el gran monasterio de Santa María la Real de Nájera en esta ciudad que era corte del reino, quiso llevarse allí los restos mortales del santo, que estaban enterrados en el monasterio de San Millán de Suso.

El 29 de mayo de 1053 colocaron los restos del Santo en una carreta tirada por bueyes y así emprendieron el viaje, con gran descontento de los monjes que allí quedaban desolados por la pérdida de su patrono. Cuando llegaron al llano, cerca del río, los bueyes se detuvieron y ya no quisieron volver a andar; no hubo forma de obligarlos. El rey y toda la comitiva comprendieron que aquello era un milagro, que San Millán estaba imponiendo su voluntad de no pasar de allí y ser enterrado de nuevo en aquellos lugares. Fue entonces cuando el rey mandó construir el reciente monasterio, al que se llamó Yuso, en contraposición con el de arriba Suso.

Hasta al menos el año 1100, coexistieron los dos monasterios, el de arriba, Suso, y el de abajo, Yuso. El primero permanece fiel a la tradición: regla mozárabe y carácter dúplice de doble comunidad masculina y femenina. El segundo, reformado con la regla benedictina.