El Museo del Greco es una casa-museo dedicada al pintor manierista Doménikos Theotokópoulos, nacido en Creta pero que produjo la mayor parte de su obra en la ciudad toledana. La institución, que se inauguró en 1911 para reunir obras del artista cretense, es una recreación de la que utilizó el pintor para trabajar. Museo adscrito al Ministerio de Cultura y Deporte, es de gestión exclusiva de la Dirección General de Bellas Artes.
El museo conserva aproximadamente una veintena de lienzos debidos a la mano del Greco, entre los que destacan el conjunto del Apostolado —el cual está considerado como el de mayor calidad de cuantos se conservan—, una de las mejores versiones de Las lagrimas de San Pedro, los retratos de Diego de Covarrubias y de su hermano Antonio, el Retablo de San Bernardino —cedido en depósito por el Museo del Prado—, o Vista y plano de Toledo, acaso la pieza más significativa de la institución. Asimismo, en 2021, el Ministerio de Cultura adquirió la obra Crucifixión con destino al Museo del Greco, siendo la primera pintura del cretense que se incorporaba a la pinacoteca desde su fundación en 1910.
El museo también cuenta con notable repertorio de obras de Luis Tristán, considerado el mejor discípulo del Greco, y en cuya obra aunó la fuerte impronta de su maestro y la del naturalismo de raíz caravaggista que conoció durante su estancia de formación en Roma. Otros autores representados son Jorge Manuel Theotocópuli, hijo del Greco —y de quien se exhibe una copia del Expolio, propiedad del Prado—, así como Sánchez Coello, Bartolomeo Passerotti, Herrera el Viejo, Juan Bautista del Mazo (con un soberbio retrato de la reina Mariana de Austria vestida con tocas de viuda, el cual fue un regalo de Huntington al marqués de la Vega-Inclán), Valdés Leal, Joaquín Sorolla (Retrato del marqués de la Vega-Inclán) y Raimundo de Madrazo. Muchas de estas obras tenían como destino el «Museo de Arte Español», un proyecto ideado por el marqués que nunca llegó a materializarse y que serviría para contextualizar la obra del Greco.
Al menos 25 de estas obras han sido cedidas en depósito por el Museo del Prado.