En 1956, el Gobierno de Navarra creó el Museo de Navarra como entidad independiente. Se encuentra en el Casco Viejo de Pamplona, en la calle Cuesta de Santo Domingo. Su capilla y fachada son obras del siglo XVI.

Del antiguo hospital de Nuestra Señora de la Misericordia, fundado en el siglo XVI, sólo se conserva la fachada principal y el interior de la capilla.

La fachada es el nico ejemplar de arquitectura civil renacentista en Pamplona, y fue realizada en 1556 por Juan de Villarreal y Martn de Azcárate. Es una reinterpretacin del arco triunfal de la arquitectura antigua con una amplia ornamentacin de inspiracin plateresca.

Un retablo del siglo XVII procedente de una iglesia que estuvo en la calle Mayor, frente a la iglesia de Santiago, en Puente la Reina, sirve de fachada a la entrada lateral de la capilla. Juan de Ancheta construyó la capilla, que hoy forma parte del museo y se utiliza como auditorio, entre 1547 y 1550 en estilo gótico-renacentista.

Trasladada al Hospital de Navarra en 1932, José Yarnoz Larrosa la reformó en 1952 para convertirla en museo, conservando casi nada de la estructura renacentista original.

En 1986, los arquitectos Jordi Garcés y Enric Soria rediseñaron el museo para modernizarlo y reestructurarlo. Durante esta reorganización sólo se expusieron las piezas más significativas, proporcionando mayor espacio para su estudio. Al añadir un espacio de reunión, un espacio para exposiciones temporales y otros servicios, se pretendía que el museo fuera más accesible al público en general. Los objetos prehistóricos se colocaron en una nueva sala bajo el jardín, los mosaicos romanos se expusieron en varios lugares de la planta baja y el resto se distribuyó en cuatro plantas.

Situada contra un muro ciego, la fachada renacentista destaca como aspecto distintivo del museo.

Las obras fueron recopiladas por la Comisión de Monumentos Históricos y Artísticos de Navarra, creada en 1860, y continuadas en 1940 por la Institución Príncipe de Viana, dependiente del Gobierno de Navarra, con el objetivo de salvaguardar, restaurar e investigar el patrimonio artístico y arqueológico de la región. En él se conservan importantes piezas romanas y un cuadro de Goya.