También se le conoce como "Palacio de los Austrias", y está construido en dos plantas rodeando el Patio de Mascarones y el presbiterio de la Basílica, ocupando toda la fachada de El Escorial (Patio de Mascarones). Utiliza el mismo estilo arquitectónico que el Palacio de Carlos I del Monasterio de Yuste. En este momento, sólo pueden visitarse la Sala de Batallas y las Habitaciones Reales. En las dependencias privadas de los Reyes se pueden contemplar importantes pinturas de la escuela española de principios del siglo XVII, de las escuelas italiana y veneciana del siglo XVI y de las escuelas flamencas de los siglos XVI y XVII, entre las que destaca San Cristóbal en el Vado, de Joachim Patinir.

En el Salón de Embajadores, una de las salas por las que se pasa antes de acceder a los aposentos reales, se exponen varios objetos interesantes, como morteros del siglo XVII, una mesa con incrustaciones de marfil, dos relojes de sol montados en el suelo, dos sillas plegables chinas de la dinastía Ming (hacia 1570) y retratos de todos los monarcas de la Casa de Austria. Merecen especial atención las magníficas puertas de marquetería, regalo del emperador Maximiliano II. También se expone la rumoreada silla-banco con la que se cree que Felipe II realizó su último viaje a la abadía mientras padecía gota.

Los aposentos sobriamente adornados que componen la "Casa del Rey" están allí ya que era donde vivía el austero Felipe II. La ventana del dormitorio real, situada junto al altar mayor de la basílica, permitía al rey asistir a misa desde su cama cuando su gota se lo impedía. La sala principal, el escritorio, el dormitorio y el fastuoso oratorio son las cuatro estancias que componen esta casa.