La Iglesia de San Francisco es una basílica católica que se levanta en medio del centro histórico de Quito, frente a la plaza homónima. Este complejo arquitectónico es el de mayor dimensión dentro de los centros históricos de América y es conocido como "el Escorial del Nuevo Mundo". La iglesia es considerada una joya de la arquitectura continental debido a su mezcla de estilos que se combinaron a lo largo de más de 150 años de construcción.
El complejo ocupa tres hectáreas y media de superficie, en las que se construyeron trece claustros (seis de gran magnitud), tres iglesias, un gran Atrio, y aproximadamente cuarenta mil metros cuadrados de edificación. Actualmente, en el conjunto se desarrollan diversas actividades, tanto conventuales y religiosas, como públicas en áreas de salud, educación, comunicación y otras de corte popular.
Dentro de la iglesia se encuentran más de 3.500 obras de arte colonial, muchas de las cuales son de la Escuela Quiteña, que nació precisamente en este lugar. Además, el complejo cuenta con una biblioteca franciscana, que en el siglo XVII fue considerada la mejor del Virreinato del Perú.
El conjunto arquitectónico está precedido por la Plaza de San Francisco, que históricamente sirvió para abastecer de agua a la ciudad y ha sido espacio de mercado, concentraciones militares y políticas, y de encuentro social. La escalera cóncavo-convexa que conecta la plaza con el Atrio, resaltando la fachada manierista-barroca de la iglesia, es de gran importancia arquitectónica en América.
En el Quito prehispánico, los terrenos del actual Convento de San Francisco fueron ocupados por el palacio real del Inca Huayna Cápac. Durante la invasión española, el general indígena Rumiñahui ordenó la destrucción de la ciudad, y el palacio fue sepultado bajo escombros. La construcción de la iglesia y convento comenzó alrededor de 1536, dos años después de la fundación de la ciudad, con la finalización de un templo provisional que se mantuvo hasta 1550. La construcción del edificio actual se inició en esa fecha y culminó hacia 1680, siendo inaugurado oficialmente en 1705.
Con el apoyo de la congregación franciscana europea, los clérigos belgas Jodoco Ricke y Pedro Gosseal llegaron a Quito en 1534 y adquirieron terrenos al costado suroeste de la Plaza Mayor, donde antes estuvieron los asientos de los jefes de las tropas imperiales. Este lugar tenía un gran valor histórico y estratégico para los indígenas que los franciscanos deseaban evangelizar. Los estudios arqueológicos realizados entre 1983 y 1990 encontraron piezas de cerámica de las culturas inca, caranqui y panzaleas bajo el templo, los claustros, el atrio y la plaza, reforzando la tesis de que el sitio fue un centro cultural importante.
El Cabildo de la nueva villa de San Francisco de Quito asignó inicialmente dos manzanas de terreno a los franciscanos, pero en 1538, tras sucesivas adjudicaciones, la superficie alcanzó más de tres hectáreas. Durante este tiempo, fray Jodoco Ricke solicitó tierras para los indígenas yanaconas y otros espacios para el convento, extendiendo el solar hacia el norte.
La construcción de la iglesia y el convento comenzó con una fase de quince años, entre 1535 y mediados de la década de 1650. Durante este periodo, se construyeron varios claustros adyacentes al principal. Los planos originales del complejo se desconocen, pero se acepta que fueron enviados desde España, y Cantuña fue quien dirigió la construcción según un estudio topográfico realizado por Ricke y Gosseal. Otros arquitectos, como fray Antonio Rodríguez, también participaron en la obra, contribuyendo a la edificación de una parte del convento y el templo del Monasterio de Santa Clara.
La segunda etapa de la construcción, que abarcó de 1651 a 1755, se centró en la ornamentación interna y complementación arquitectónica menor, reflejando el auge de la Orden Franciscana. Sin embargo, el terremoto de 1755 destruyó el artesonado mudéjar de la nave principal. En la tercera etapa, entre 1756 y 1809, el convento sufrió reconstrucciones debido a los terremotos. Durante este tiempo, se redefinió estéticamente el interior de la iglesia, con la instalación de un artesonado barroco en la nave central. La cuarta etapa, entre 1810 y 1894, estuvo marcada por la crisis institucional de la Orden, lo que provocó la extirpación de espacios dentro del convento, aunque las áreas que se mantuvieron bajo control franciscano preservaron las formas tradicionales.
A partir de 1895 hasta 1960, el convento experimentó la modernización de su infraestructura, con la implementación de nuevos servicios urbanos como luz eléctrica, agua potable y alcantarillado. Además, se readecuaron espacios para nuevos usos, como un museo, imprenta, teatro y establecimiento educativo, lo que hizo que el convento fuera cada vez más público.
El ambiente arquitectónico de la iglesia refleja la tipología clásica de los monasterios medievales. La distribución espacial parte de la iglesia, que es el eje central, y desde allí se abren las galerías claustrales que albergan las celdas, el refectorio, la sala capitular, la bodega y el locutorio. El diseño final es un patio cuadrado con cuatro galerías, cada una destinada a funciones específicas. Aunque no se destinó una galería a la sala capitular, sí se conservaron dependencias clave, como el refectorio y el dormitorio. Según fray Fernando de Cozar, en el Claustro se encontraban también la Sala De Profundis, la Biblioteca y las aulas de arte y teología.
El convento recreó un microcosmos autosuficiente, similar a los monasterios medievales, con dependencias para salud, educación, oficios, huerta e incluso una cárcel para mantener la disciplina conventual. En el Claustro de Servicios se encontraban la cocina, la enfermería y la botica.
El conjunto arquitectónico de San Francisco estuvo profundamente ligado a su entorno urbano. Tres espacios definieron su relación con el mundo exterior: la plaza, el Atrio y la iglesia y capillas. La plaza, un espacio urbano que conectaba a los religiosos con los civiles a través de diversas actividades, el Atrio, que tenía funciones sagradas y fue un lugar de enterramiento durante los siglos XVI y XVII, y la iglesia y capillas, que eran lugares de culto. La escalera que conecta el Atrio con la iglesia, diseñada de forma cóncavo-convexa, tiene una gran importancia arquitectónica.
El estilo de la iglesia de San Francisco refleja una evolución arquitectónica influenciada por diversos movimientos artísticos. La fachada presenta elementos manieristas, lo que marca la primera presencia de este estilo en América del Sur. El interior combina el estilo mudéjar con el barroco, con detalles dorados que le dan un esplendor único. Los artesonados de las naves muestran influencias moriscas, y los retablos están profusamente decorados con imágenes y querubines. El complejo se completa con el convento, que destaca por la belleza de su claustro principal, dispuesto alrededor de un gran patio con dos galerías superpuestas.