La mayor parte de este extenso espacio se encuentra en la provincia de Huelva, especialmente dentro del municipio de Almonte. En comparación, las porciones de Doñana situadas en las provincias de Sevilla y Cádiz son considerablemente más reducidas.

Doñana se extiende a través de 11 municipios en total. En la provincia de Huelva, los municipios incluidos son Almonte, Moguer, Lucena del Puerto, Hinojos y Bonares. En Sevilla, los municipios son Aznalcázar, Isla Mayor, Pilas, La Puebla del Río y Villamanrique de la Condesa. Por último, en la provincia de Cádiz, Sanlúcar de Barrameda es el municipio que forma parte de este espacio natural protegido.