Una iglesia que ya existía en 1511 y de la que se conserva un sillar con la fecha "1503" fue sustituida por la iglesia de San Antonio Abad en 1525 en la localidad toledana de El Toboso.

La primera fase de construcción del edificio corrió a cargo del maestro cantero Juanes de Santiago, cuyo trabajo pudo concentrarse en la parte más primitiva, el cuerpo central de las naves, que estilísticamente se ajusta al estilo gótico tardío o "gótico isabelino". Posteriormente trabajaron en el templo los hábiles canteros Miguel de Verduraza, Azcutia y Martn de Atuy de Leturiondo.

Es interesante destacar que Miguel de Cervantes menciona esta iglesia en el Quijote. Concretamente, lo hace en el capítulo IX de la segunda parte, donde escribe: "Encabezó don Quijote el camino, y habiendo andado doscientos pasos, dio con el bulto que hacía la sombra, y vio una gran torre, y luego supo que no era fortaleza el edificio, sino la iglesia mayor de la villa. Hemos llegado a la iglesia, Sancho, continuó.

La enorme iglesia tiene planta de salón con tres naves de tres tramos, cada una de ellas cubierta por una bóveda de crucería adornada con terceletes. Fuertes columnas cilíndricas con bases molduradas sostienen las bóvedas.

Esta parte, junto con el pequeño cuerpo rectangular del presbiterio, se construyeron en el siglo XVII y son ejemplos de arquitectura renacentista. El crucero, que no sobresale al exterior, está formado por la prolongación de las naves, divididas en tres espacios. El espacio central está cubierto por una bóveda semiesférica, y los laterales, por bóvedas decoradas con molduras de yeso.

Las capillas laterales son también del siglo XVII; la Capilla del Rosario, protegida por una bóveda de arista, se encuentra adosada a la nave sur, y las Capillas de los Morales de Nieva y de los Dolores están en el lado norte. La sacristía, situada en la nave de la Epístola y comunicada con la Capilla del Rosario, se terminó en 1610, inmediatamente después de estas capillas.

El coro elevado se encuentra en la base del edificio. Su cimentación se compone de nervios como los de las naves, que nunca se terminaron. El tejado elegido para reemplazar lo que podría haber sido es un alfarje de madera con tirantes pero sin ornamentación.

Todos los elementos estructurales, incluidas las columnas, basas, nervios y arcos, están formados por sillares de piedra vista, mientras que los muros están pintados de blanco.

Debido al escaso número de aberturas a menudo pequeñas y espaciadas a lo largo de los muros, el interior está poco iluminado.

La estructura es exenta en todas sus fachadas exteriores, aunque la Plaza de Juan Carlos I ofrece la mejor vista. Los contrafuertes de sillería que la rodean le confieren un marcado aire de grandeza y monumentalidad. Para el resto de los muros se emplea mampostería en lugar de sillares. En la fachada sur, la puerta principal se construyó en 1618. Está protegida por un pórtico de grandes dimensiones con un arco de medio punto con pilastras. De estructura similar a los retablos manieristas, esta entrada está dividida en dos niveles o porciones, con un arco de medio punto en la parte inferior sostenido por cuatro columnas dóricas sobre altas bases y dos nichos vacíos entre ellas. En la parte sur de la estructura hay un frontón triangular y un nicho que alberga la estatua de la Inmaculada Concepción. A ambos lados hay pirámides con bolas en la parte superior. En esta fachada se conserva intacta una gran ventana rectangular, rematada por un frontón con bolas en las esquinas.

La Cruz de Santiago se guarda en el interior de una entrada cegada con frontón triangular que se conserva en la fachada norte.

En la fachada oeste se construyó una portada adicional, oculta bajo un pórtico con bóveda de cañón marcadamente renacentista. Dos piezas componen este pórtico: la primera es un arco de medio punto moldurado con puerta de madera y clavos de fundición, enmarcado por pilastras pareadas sobre un zócalo corrido, y tiene un entablamento arquitrabado. El patrón de la iglesia, San Antonio Abad, está representado en una pequeña hornacina en la parte superior, donde está defendido por dos flambeaux.

La torre, de planta cuadrada y dimensiones considerables, está situada junto a la fachada sur. Fue construida en el siglo XVI y está dividida en tres partes por una hilera de impostas. La primera fue una estructura de mampostería construida en 1552 con un diseño plateresco. Presenta una ventana abocinada con gallones en su lado sur. El edificio de las dos partes restantes, de tipología herreriana y compuesto de sillería, se terminó más tarde. Sus vanos presentan arcos de medio punto almohadillados. Una balaustrada de piedra con bolas en la parte superior rodea la torre.