La iglesia de San Esteban es un templo católico, ya sin culto, situado en el barrio del mismo nombre de la ciudad de Burgos. Notable construcción gótica levantada en lo esencial entre finales del siglo XIII y principios del XIV, en la actualidad alberga el Museo del Retablo.

La iglesia, emplazada en la ladera este del cerro del Castillo, en la confluencia de las calles de San Esteban, Valentín Palencia y el Pozo Seco, y dando nombre al barrio, se empezó a construir en el último cuarto del siglo XIII, bajo el reinado de Alfonso X El Sabio, continuando su proceso durante las primeras décadas de la siguiente centuria. Al igual que la cercana Catedral, coetánea en su erección (si bien la seo burgalesa comenzó a levantarse unas décadas antes), sustituyó un templo románico más antiguo, el cual figuraba entre las once iglesias burgalesas citadas por el papa Alejandro III en una bula de 1163.

La vecindad del castillo fue en ocasiones perjudicial para la fábrica de San Esteban, como sucedió en los años 1475-1476, cuando el asedio de la fortaleza con motivo de la Guerra de Sucesión Castellana le ocasionó desperfectos que obligaron a reconstruir el rosetón en 1479 y a reparar la torre y los pilares en 1485, obras que se prolongaron hasta bien entrado el siglo XVI. A este siglo corresponden las intervenciones de los maestros Simón de Colonia (coro alto, en 1502-1506), Nicolás de Vergara (triforio, arcos del órgano, escalera del coro, sepulcros, chimenea del claustro, etc.), Juan de Castañeda, o Juan de Vergara, y Domingo de Veytia (quienes actuaron en la torre). La voladura del castillo por los franceses en 1813 durante la invasión napoleónica volvió a dañar partes de la fachada y de la torre.

La Iglesia de San Esteban fue declarada Monumento Nacional en 1931.

Desde que la iglesia de San Esteban fue convertida en Museo del Retablo, la parroquia de San Esteban tiene su sede en la cercana iglesia de San Nicolás de Bari.