La necrópolis vaticana se encuentra debajo de la Ciudad del Vaticano, a una profundidad que varía entre 5 y 12 metros bajo la actual basílica de San Pedro. En la década de 1940, la Santa Sede patrocinó excavaciones arqueológicas en la zona, revelando una necrópolis datada en la época imperial. Este proyecto fue impulsado por el papa Pío XI, quien deseaba ser enterrado lo más cerca posible a San Pedro. Entre los descubrimientos destaca la Tumba de los Julios, que data de los siglos III o IV. La necrópolis no debe confundirse con las catacumbas subterráneas de Roma, ya que se trataba de un cementerio al aire libre con tumbas y mausoleos.

A diferencia de las grutas vaticanas, que surgieron con la construcción de la actual basílica de San Pedro y corresponden al nivel inferior de la antigua basílica constantiniana, la necrópolis era originalmente un cementerio en la ladera sur de la Colina Vaticana, junto a un circo construido por el emperador Calígula. Según la ley romana, estaba prohibido enterrar a los muertos dentro de los muros de la ciudad, por lo que los cementerios se ubicaban a lo largo de las carreteras fuera de los límites urbanos. Desde Roma se accedía por la Vía Cornelia, que corría hacia el norte por la colina vaticana.

Calígula, durante la construcción del circo que luego completaría Nerón, colocó un obelisco egipcio, que permaneció en su lugar original hasta que Domenico Fontana lo trasladó al centro de la Plaza de San Pedro en 1586 por orden del papa Sixto V.

Según la tradición, San Pedro fue martirizado hacia los años 64 o 67 en el Circo de Nerón y enterrado en la necrópolis adyacente. Después del Edicto de Milán, el emperador Constantino I comenzó la construcción de la primera basílica vaticana. Aunque la necrópolis aún estaba en uso, Constantino ordenó excavar parte de ella para nivelar el terreno y construir los cimientos de la iglesia, llenándola de escombros. Solo se conservó la tumba de San Pedro.

Las primeras excavaciones de la necrópolis se realizaron entre 1940 y 1949, bajo el pontificado de Pío XII, con el objetivo de localizar la tumba de San Pedro. Durante las excavaciones, se descubrieron varios mausoleos, marcados inicialmente con letras del alfabeto griego y luego con letras latinas. Entre los mausoleos descubiertos, algunos datan del siglo II y III y fueron construidos durante el reinado de diferentes emperadores. Estos mausoleos fueron utilizados por varias generaciones y compartidos por distintas familias.

En el siglo XXI, durante la construcción de un estacionamiento en 2003, se descubrió otra parte de la necrópolis. Este sitio, ahora abierto a los visitantes, ha visto varias restauraciones, como la del Mausoleo Valerii.

La zona P, también conocida como Campus Petri, es el lugar donde se encuentra la supuesta tumba de San Pedro. Según la tradición, luego de su martirio en el Circo de Nerón, Pedro fue enterrado aquí. Aproximadamente 100 años después, se erigió una capilla sobre su tumba, adyacente a la llamada "pared roja". Este sitio fue un lugar de veneración temprano, conocido como el "Trofeo de Gayo" por el teólogo Cayo de Roma, mencionado en la obra de Eusebio de Cesarea.

Las visitas a la necrópolis vaticana deben gestionarse con la Oficina de Excavaciones de la Fábrica de San Pedro con al menos seis meses de antelación. La visita, que dura aproximadamente una hora y media, culmina en la tumba de San Pedro y finaliza en la basílica. Por razones de conservación, solo se permiten pequeños grupos de diez a quince personas a la vez.