Un portal en el muro sur de la antisacristía da acceso al claustro alto. Desde sus inicios, la claustra nueva de esta catedral presenta una planta doble para adaptarse al fuerte desnivel existente entre el suelo de la iglesia y la calle de la Paloma. Su construcción data de finales del siglo XIII y presenta una planta rectangular irregular con seis arcos en los lados este y oeste y siete arcos en los lados norte y sur. El claustro de la Catedral de Pamplona, también conocido como claustro alto o claustro alto, fue diseñado por el maestro Enrique y es considerado "un ejemplo sobresaliente del arte gótico" por Vicente Lampérez. Las galerías del claustro se cubren con bóvedas de crucería simple cuatripartitas, y los ventanales de la catedral presentan arcos apuntados, ajimeces triples y tracería de tres óculos cuadrilobulados.

El aspecto exterior del claustro.

Los arcos ciegos de la galería norte presentan estatuas que representan personajes o escenas del Antiguo Testamento, como el Sacrificio de Isaac; la ornamentación vegetal de sus arcadas, capiteles y arquivoltas de sus muros es preciosa; y lo más importante, la decoración historicista de sus cuatro pilares de las esquinas presenta grupos escultóricos que representan la Anunciación, la Epifanía y grupos de figuras relacionadas con la construcción de la catedral. Numerosos canónigos de la catedral están enterrados bajo los arcos ciegos apuntados de los muros laterales de las otras tres galerías, que datan de los siglos XII al XVI. Sepulcro románico de Doa Godo, madre del mayordomo de Alfonso VIII, fallecida en 1105; sepulcro gótico del obispo Mateo Rynal, fallecido en 1259; sepulcros renacentistas de los canónigos Juan López del Hospital y Diego de Santander, ambos del siglo XVI y esculpidos por Diego de Siloé; y sepulcro renacentista del canónigo Gaspar de Illescas, del siglo XVII. El sepulcro propiamente dicho, con una estatua yacente en la tapa y escudos en el frente, decorados con grotescos y florones, se encuentra en la parte inferior, mientras que en la superior destacan dos medallones con las efigies de San Pedro y San Pablo, un relieve con la escena del Nacimiento de Cristo y cuatro hornacinas con estatuas de los Padres de la Iglesia de Occidente.

La capilla gótica de San Jerónimo, o de Mena, de planta cuadrada cubierta con bóveda de crucería estrellada, fue construida por Juan de Vallejo en 1545 a petición del canónigo Francisco de Mena, fallecido en 1553 y cuyo sepulcro renacentista, con una estatua yacente y un bello relieve policromado que representa la Venida del Espíritu Santo, está adosado al ángulo noroeste de las galerías.

Claustro bajo

Aunque sus pisos han sido rebajados, el claustro inferior, que sirvió de cementerio durante siglos, fue construido unos diez años antes que el claustro superior y es notablemente menos esbelto; fue restaurado, según muchos, casi reinventado, por Vicente Lampérez, entre 1899 y 1911, quien, siguiendo los criterios "puristas" de Viollet-le-Duc, rebajó los suelos, sustituyó las tracerías de sus arcadas, excepto en las de la galería sur que Estas galerías y la capilla-cripta de San Pedro, que se cree perteneció a la catedral románica y a la que se accede desde la galería norte, albergan en la actualidad un centro de interpretación sobre la construcción de la catedral y, además de maquetas de la catedral románica y paneles informativos sobre su historia, albergan restos arqueológicos y escultóricos que se cree que pertenecieron a la catedral románica o que fueron desechados en las sucesivas restauraciones de la catedral gótica.