En la girola se encuentra el sepulcro del arcediano Pedro Fernández de Villegas, obra de Simón de Colonia. Felipe Bigarny realizó los relieves del centro del crucero y Pedro Alonso de los Rós los de los extremos.

Relieves del transepto

En 1498, el cabildo contrató al escultor Felipe Bigarny para realizar un relieve en piedra para el crucero. Bigarny utilizó piedra caliza para crear su réplica del Camino del Calvario. Primera obra conocida de este artista en Burgos, ejemplifica su estilo distintivo, que debe mucho a la expresividad y la estética góticas sin dejar de ser receptivo a los desarrollos renacentistas. El cabildo quedó tan satisfecho con su obra que le encargó otros dos relieves: la Crucifixión (1500-1503) y el Descendimiento, entierro y resurrección de Cristo (1500-1503). Desgraciadamente, estas obras también están muy dañadas porque fueron talladas en piedra de baja calidad que se desmorona en ambientes húmedos. Se atribuye a Simón de Colonia el diseño del soporte arquitectónico de los relieves.

Casi dos siglos más tarde, dos nuevos relieves en los extremos que representan la Oración en el Huerto y la Ascensión remataron este conjunto escultórico. Entre 1681 y 1683, el escultor Pedro Alonso de los Rós los realizó en piedra caliza y estilo barroco.