La capilla de San Bartolomé se encuentra en el muro del mihrab y en ella descansan los restos del insigne poeta cordobés Luis de Góngora y Argote. Fue fundada en el siglo XIII por Martín Muñoz, pasando más tarde a ser propiedad de la familia Fernández de Córdoba.

Es de planta cuadrangular cubierta por bóveda baída con linterna, muy reformada, de la que cuelga una lámpara de plata. En el retablo situado detrás del altar, recubierto este último con azulejos mudéjares, fechados en el siglo XV, puede verse un lienzo que representa el Martirio de San Bartolomé, copia del original de José de Ribera, pintado en 1626. El retablo es de madera tallada sin dorar y se decora con abundantes motivos vegetales.

Los azulejos del altar y los de las paredes están fechados en el siglo XV y son de la misma época. En el siglo XV se realizó también la reja que cierra la capilla, y en cuya parte superior hay un cuadro heráldico del apellido Góngora.