Dentro del área de la Mezquita de Córdoba se pueden visitar varios museos:

Museo de San Vicente

En el museo de San Vicente se exponen algunos de los restos arqueológicos recuperados de la antigua Basílica de San Vicente.

Museo de San Clemente

En el museo de San Clemente se exponen una gran variedad de objetos relacionados con el monumento, tales como portadas de antiguas capillas, campanas, la antigua maquinaria del reloj, azulejos, capiteles, fragmentos de las vigas originales o inscripciones arábigas.

Tesoro de la catedral

El tesoro de la catedral se encuentra en la capilla de Santa Teresa y estancias adjuntas. Como uno de sus tesoros principales, guarda la catedral la Custodia de Arfe, labrada por Enrique de Arfe. Mide 2,63 metros de altura y pesa más de 200 kilos. Representa una catedral gótica de planta dodecagonal, se compone de dos cuerpos que alojan en un interior al viril y una imagen de la Virgen de la Asunción. Sufrió una restauración en el año 1735, cuando Bernabé García de los Reyes le añadió un basamento y elementos decorativos barrocos, y en el año 1966 el viril fue aureolado con brillantes.

Hay una colección de portapaces, cálices y copones de oro y plata así como grandes cruces de materiales preciosos, una de ellas donada a la catedral por el obispo Diego de Mardones en el año 1620. Posee el tesoro unos magníficos crucifijos de marfil, siendo el que más sobresale uno del siglo xvii realizado por Alonso Cano.