El minarete fue construido por Abderramán III en el siglo x, aunque ha ido desapareciendo tras ser parcialmente demolido y encajonado en el campanario renacentista visible actualmente, diseñado por Hernán Ruiz III y construido entre 1593 y 1617. La apariencia original del minarete, sin embargo, fue reconstruida por Félix Hernández Giménez, con la ayuda de evidencias arqueológicas, textos históricos y representaciones como la ubicada en la puerta de Santa Catalina, donde aparece la estructura antes de su reconstrucción.
El minarete original medía 47 metros y tenía una base cuadrangular de 8,5 metros por lado. Como otros minaretes posteriores andalusíes y norafricanos, estaba compuesto por un cuerpo principal y una segunda torre o «linterna», también de planta cuadrada, que lo coronaba. Este segundo cuerpo estaba rematado por una cúpula y un yamur que albergaba dos esferas metálicas de oro y una de plata (a menudo denominadas «manzanas»), disminuyendo de tamaño hasta la cima. El cuerpo principal albergaba dos escaleras, construidas para ascender y descender por accesos diferentes. A la mitad del recorrido, las escaleras estaban iluminadas por tres ventanas en arcos de herradura, decorados con dovelas que se alternaban los colores y rodeadas por un alfiz rectangular, similar al de las puertas exteriores de la mezquita. Este triplete de ventanas se repetía en el nivel superior, y por encima de este, en la última planta del primer cuerpo, había una fila de nueve pequeños ventanales de igual forma y decoración. El borde del primer cuerpo estaba coronado con una balaustrada de almenas en forma de sierra, parecido a los encontrados habitualmente en Marruecos. La linterna estaba decorada por un arco de herradura en cada una de sus caras, de nuevo alternándose los colores de las dovelas enmarcadas por un alfiz.
La construcción del nuevo campanario de la catedral que revistió al minarete comenzó en 1593 y, tras algunos retrasos, fue finalizada en 1617. El diseño corrió a cargo del arquitecto Hernán Ruiz III, quien edificó la estructura hasta el nivel de las campanas, falleciendo antes de su terminación.5469 El proyecto fue continuado y finalizado por Juan Sequero de Matilla, alcanzando los 54 metros de altura, la estructura más alta de la ciudad. El campanario alberga una sólida estructura cuadrangular hasta el nivel de las campanas, donde se abren serlianas en cada una de sus caras. Sobre esta estructura se encuentra una linterna, a su vez coronada por una cúpula y en cuya cúspide se instaló una escultura del arcángel Rafael, realizada por Pedro de la Paz y Bernabé Gómez del Río, e instalada por Gaspar de la Peña en 1664, quien fue contratado para solucionar problemas estructurales. La base de la torre alberga la puerta del Perdón, una de las dos puertas septentrionales del edificio.