Dentro de la Mezquita se hallan enterramientos tanto de miembros de la Corona Castellana como de otros personajes célebres.
Miembros de la Corona Castellana
A lo largo de los siglos, varios miembros de la realeza fueron sepultados en distintas partes del templo:
Fernando IV de Castilla (1285-1312). En 1736 sus restos mortales fueron trasladados a la iglesia de San Hipólito de Córdoba, donde permanecen en la actualidad.
Alfonso XI de Castilla (1311-1350). Hijo del anterior y de la reina Constanza de Portugal. En 1736, sus restos fueron trasladados junto con los de su padre a la iglesia de San Hipólito de Córdoba,104 donde descansan actualmente.
Juan de Castilla (m. 1245). Hijo del rey Fernando III de Castilla y de la reina Juana de Ponthieu. Murió recién nacido.
Enrique de Castilla (1378-1404). Hijo ilegítimo del rey Enrique II de Castilla y de Juana de Sousa. Fue conde de Cabra y duque de Medina Sidonia,108 y su madre también fue enterrada en este mismo templo.
Juan Ponce de Cabrera (m. 1328). Era bisnieto del rey Alfonso IX de León, y fue señor de Cabra, de la mitad del castillo de Garcíez, y de la Torre de Pajares. Fue ejecutado públicamente en Córdoba por orden de Alfonso XI en 1328,110 y fue sepultado junto con su esposa, Inés Enríquez, y su hija, Sancha Ponce de Cabrera, en la desaparecida capilla de Santiago de la Mezquita-catedral, donde en la actualidad se encuentra la capilla del Sagrario.
Leopoldo de Austria (m. 1557). Fue obispo de Córdoba y rector de la Universidad de Salamanca, y era hijo ilegítimo de Maximiliano I de Habsburgo, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.
Otros enterramientos célebres
Inca Garcilaso de la Vega (1539-1616). Escritor e historiador nacido en Perú ubicado en la capilla de las Ánimas.
Pablo de Céspedes (1548-1608). Clérigo, pintor y escritor humanista, aunque se desconoce la ubicación de sus restos.
Luis de Góngora (1561-1627). Poeta del Siglo de Oro que fue enterrado en una urna en la capilla de San Bartolomé tras su cargo como canónigo.
Cardenal Salazar (1630-1706). Obispo de Córdoba y cardenal que construyó la capilla de Santa Teresa donde se encuentra enterrado.
Pedro Duque Cornejo (1678-1757). Artista encargado del coro de la Mezquita-catedral, que falleció dos semanas antes de su inauguración, y fue enterrado en él.
Pedro de Cevallos (1715-1778). Primer virrey del Río de la Plata, enterrado junto a la capilla de Villaviciosa.