La actual maqsura y mihrab fueron construidas durante la ampliación de Alhakén II. La maqsura, la zona reservada para el califa, es una zona rectangular adosada al muro de la quibla. Se encuentra rodeada y dividida en tres por columnatas de arcos polibulados entrecruzados. En el muro del espacio oriental se encuentra la puerta de la desaparecida Sala del Tesoro o Bayt al-mal. En el espacio occidental está la puerta del Sabat, por la cual accedía el califa a través de un pasadizo que le llevaba directo al alcázar. En el central se halla la puerta del Mihrab compuesta por un arco de herradura profusamente decorado que da acceso al habitáculo del mihrab.

El habitáculo del mihrab, que se halla incrustado en el muro de la quibla, es de planta octogonal con una cúpula con forma de concha. Los muros se encuentran decorados con un zócalo de mármol y, sobre el mismo, seis arcos polibulados en seis de sus caras.