La capilla Mayor, el coro y el trascoro, forman el núcleo de la Mezquita-Catedral. Saliendo del coro pueden verse las capillas que rodean a la nave; girando a la derecha se encuentra en primer lugar la lauda sepulcral de los Cinco Obispos, ejecutada en 1554 y realizada en mármol según el deseo del obispo Leopoldo de Austria. Le sigue la capilla del Dulce Nombre de Jesús, separada del resto del templo por una magnífica reja. A esta le siguen la capilla de San Pelagio, la capilla de Santo Tomás y la capilla de Jesús, María y José, llamada popularmente la «capilla del Niño Perdido». Pasado el crucero, se llega al transepto, cubierto por tracería gótica decorada en su parte izquierda con bustos de profetas, y en su parte derecha con figuras femeninas, que posiblemente representen a las virtudes.
El trasaltar tiene cinco arcos, cuatro destinados a capillas, constituyendo el quinto la portada de ingreso a la sacristía. Por encima de los arcos hay una cornisa con grutescos y tondos con bustos, y en los cinco tímpanos se ven relieves que representan el “Prendimiento”, el “Camino del Calvario”, la “Crucifixión”, el “Descendimiento” y la “Resurrección”, todos ellos obras anónimas de un taller local de comienzos del siglo xvi, influenciado fuertemente por los flamencos. Junto a la puerta de la sacristía se sitúa la capilla de San Bernabé, seguida por la capilla del Ángel de la Guarda, a la que sigue la capilla de la Presentación.
Retablo mayor
El retablo de la Capilla Mayor comenzó su construcción en 1618 y fue diseñado en estilo manierista por Alonso Matías.49 En 1627 los trabajos arquitectónicos fueron continuados por Juan de Aranda Salazar, y el retablo fue finalizado en 1653.99 La escultura fue ejecutada por los artistas Sebastián Vidal y Pedro Freile de Guevara. Las pinturas originales fueron realizadas por Cristóbal Vela y fueron reemplazadas en 1715 por las de Antonio Palomino. El retablo está dividido en tres cuerpos flanqueados por columnas compuestas. El cuerpo central alberga el tabernáculo en su base, ejecutado por Pedro Freile de Guevara, mientras que en la parte superior se encuentra un lienzo de la Asunción. Los cuerpos laterales albergan lienzos de los cuatro mártires: San Acisclo y Santa Victoria en la mitad inferior y San Pelayo y Santa Flora en la mitad superior. Los lienzos superiores están flanqueados por las esculturas de San Pedro y San Pablo y la parte central está rematada por un relieve de Dios Padre.
Coro
La sillería del coro, localizada frente al retablo mayor, fue realizado por Pedro Duque Cornejo entre 1748 y 1757.4963100 El conjunto fue tallado principalmente en madera de caoba y presenta una fila de 30 sillas en la zona superior y otra de 23 en la zona inferior, todas intrincadamente decoradas con relieves, incluyendo una serie de escenas iconográficas. Los relieves de la sillería alta muestran la vida de Jesucristo en su lado derecho y la vida de la Virgen María en su lado izquierdo, mientras que los medallones pequeños todos son escenas del Antiguo Testamento; asimismo, la sillería baja presenta escenas de los mártires cordobeses. En el centro del conjunto en la zona occidental se encuentra una gran trono episcopal, encargado en 1752, con un parecido al diseño de un altar. La parte inferior del trono alberga tres sillas, aunque el elemento más impresionante es la representación de la Ascensión de Jesús que lo remata. La figura que corona todo el conjunto es la escultura del arcángel Rafael.